小儿尿路感染是多种因素共同作用所致，包括女童尿道短、男童包茎或包皮过长等解剖生理因素；肾盂输尿管连接处狭窄、膀胱输尿管反流等先天畸形及结石、肿瘤等尿路梗阻的先天畸形或尿路梗阻因素；婴幼儿期免疫功能不完善、患糖尿病等基础疾病及长期用免疫抑制剂等机体免疫力低下因素；卫生习惯不佳、饮水过少等不良生活习惯因素。
解剖生理因素：
女童尿道短：女童尿道较短，仅1-3cm，且外口暴露，距离肛门较近（婴儿期女婴尿道短且外口暴露，距离肛门近，大肠杆菌易从肛门周围污染尿道），这使得细菌容易沿尿道上行感染膀胱、肾脏等部位。
男童包茎或包皮过长：男童若存在包茎或包皮过长情况，包皮下易积聚污垢，为细菌滋生提供了良好环境，增加了尿路感染的风险。
先天畸形或尿路梗阻：
先天畸形：如肾盂输尿管连接处狭窄、膀胱输尿管反流等先天畸形，会导致尿液引流不畅，使细菌容易在局部繁殖，从而引发尿路感染。例如膀胱输尿管反流时，尿液可从膀胱逆流至输尿管甚至肾盂，造成细菌滞留，引发感染。
尿路梗阻：各种原因引起的尿路梗阻，如结石、肿瘤等，会使尿液排出受阻，尿液淤积，有利于细菌生长繁殖，进而诱发尿路感染。
机体免疫力低下：
婴幼儿期免疫功能不完善：婴幼儿时期机体的免疫功能尚未完全发育成熟，例如血清免疫球蛋白（尤其是IgM、IgA）含量较低，局部黏膜免疫功能差，对细菌的抵御能力较弱，容易发生尿路感染。比如新生儿和小婴儿的膀胱防御机制不完善，细菌容易入侵。
其他疾病影响：患有某些基础疾病，如糖尿病、艾滋病等，会导致机体免疫力下降，增加小儿发生尿路感染的可能性；长期使用免疫抑制剂的患儿，也因机体免疫功能受抑制，更容易受到细菌侵袭而引发尿路感染。
不良生活习惯：
卫生习惯不佳：不注意会阴部清洁卫生，如大小便后擦拭方向错误（应从前向后擦拭女童会阴部），容易将肛门周围的细菌带到尿道周围，引发感染。
饮水过少：饮水不足会导致尿液生成减少，尿液对尿道的冲刷作用减弱，细菌容易在尿路繁殖，增加尿路感染的发生几率。
