肝母细胞瘤的发病与多种因素相关，包括具有遗传易感性，部分患儿存在Wnt信号通路相关基因变异等，Beckwith-Wiedemann综合征患儿因基因印记异常等患该病概率高；胚胎发育早期肝脏组织分化、增殖异常可引发该病，相关环境因素影响机制待研究；部分患儿存在染色体数目或结构异常影响基因表达致肝脏细胞异常增殖；母亲孕期不良生活方式及暴露于不良环境可能影响胎儿肝脏发育增加患病风险。
一、遗传因素相关
肝母细胞瘤具有一定的遗传易感性，部分患儿存在特定的基因变异相关情况。例如，Wnt信号通路相关基因的突变可能与肝母细胞瘤的发生有关。一些遗传性综合征也可能增加肝母细胞瘤的发病风险，如Beckwith-Wiedemann综合征，该综合征患儿由于基因印记异常等原因，患肝母细胞瘤的概率明显高于正常儿童群体。此综合征在婴幼儿中较为常见，男性和女性患儿均可能发病，其发病与胚胎发育过程中基因调控异常密切相关，患儿在胚胎时期就可能因为相关基因的问题埋下患肝母细胞瘤的隐患。
二、胚胎发育异常因素
在胚胎发育早期，如果肝脏组织的分化、增殖出现异常，就有可能引发肝母细胞瘤。在胚胎时期，肝脏的正常细胞分化程序受到干扰，导致未成熟的细胞异常增殖并形成肿瘤样组织。这种胚胎发育异常可能受到多种因素的影响，如母亲在孕期接触某些可能干扰胚胎发育的环境因素等，但具体的环境因素与胚胎发育异常导致肝母细胞瘤的关联机制仍在进一步研究中。对于处于胚胎发育关键时期的胎儿来说，任何影响胚胎正常发育进程的因素都可能成为潜在的致病诱因。
三、其他可能因素
染色体异常：研究发现部分肝母细胞瘤患儿存在染色体数目或结构的异常。例如，某些染色体片段的缺失、重复等改变可能影响相关基因的表达和功能，从而导致肝脏细胞的异常增殖。不同性别的患儿在染色体异常导致肝母细胞瘤的概率上并无明显差异，但染色体异常的具体类型和程度会影响病情的严重程度和发展进程。
孕期不良因素：母亲在孕期的一些不良生活方式或暴露于不良环境中可能对胎儿肝脏发育产生影响。如孕期吸烟、饮酒等不良生活习惯，可能通过胎盘传递有害物质，干扰胎儿肝脏的正常发育；孕期接触放射性物质、某些化学毒物等，也可能增加胎儿患肝母细胞瘤的风险。不过，这些孕期不良因素与肝母细胞瘤的因果关系需要更多大规模的流行病学研究来进一步证实，但从现有研究趋势来看，它们是可能的相关因素。
