肛门闭锁的发生与遗传因素、环境因素及胚胎发育异常有关。遗传方面某些基因突变及不同遗传方式可致发病风险升高；环境因素中孕期感染病毒、接触有害物质、营养缺乏会影响胚胎发育增加患病可能；胚胎发育早期后肠与尿生殖窦分隔等发育障碍是关键原因，4-7周为关键发育期，干扰易致异常引发肛门闭锁。
环境因素
1.孕期感染：母亲在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，可能会影响胚胎的正常发育，包括肛门直肠的发育过程，从而增加胎儿出现肛门闭锁的可能性。研究发现，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿发生先天性肛门直肠畸形的概率较未感染孕妇有所升高。
2.孕期接触有害物质：孕期接触某些有害物质，如工业化学毒物、放射性物质等，也可能干扰胚胎的发育。例如，长期接触苯等化学物质的孕妇，胎儿发生肛门闭锁等先天性畸形的风险会增加。这是因为这些有害物质可能通过胎盘影响胚胎的正常细胞分化和组织器官形成，进而影响肛门直肠的正常发育。
3.孕期营养缺乏：孕期母体营养缺乏，尤其是叶酸缺乏，可能与肛门闭锁的发生相关。叶酸在胚胎神经管及消化道等器官的发育中起着重要作用，缺乏叶酸会影响细胞的分裂和分化，导致胚胎发育异常，包括肛门直肠发育缺陷，从而引发肛门闭锁。
胚胎发育异常
在胚胎发育的早期阶段，正常的肛门直肠发育过程出现障碍是导致肛门闭锁的关键原因。胚胎时期，后肠与尿生殖窦之间的分隔发育异常，或者泄殖腔膜的破裂不完全等情况，都会影响肛门直肠的正常形成。一般在胚胎发育的第4-7周，是肛门直肠发育的关键时期，此阶段任何干扰因素都可能导致发育异常，最终引发肛门闭锁。例如，后肠与尿生殖窦的分隔出现错误，使得肛门直肠的结构发育出现畸形，形成肛门闭锁的病理状态。
