甲状腺乳头状癌主要分为经典型（最常见，肿瘤细胞呈乳头状结构，核有特征改变，病理可明确诊断，有甲状腺疾病病史风险高）、滤泡亚型（部分呈滤泡结构，需与滤泡状癌鉴别，兼具两者部分特点，靠病理组织学区分）、高细胞亚型（细胞高度至少是宽度2倍，各年龄性别可发生，生活方式影响小，甲状腺相关病史者需关注，显微镜下观察细胞高度等判定）、柱状细胞亚型（细胞呈柱状假复层排列，各年龄性别可出现，甲状腺疾病病史人群需留意，病理观察细胞形态及排列方式关键）、弥漫硬化亚型（常伴广泛纤维化和砂粒体，多发生于年轻女性，可能与遗传等因素密切，甲状腺疾病家族史等需格外注意，病理表现为弥漫硬化改变等特征）、嗜酸细胞亚型（肿瘤细胞富含嗜酸性颗粒，各年龄性别均可发病，甲状腺相关病史人群要关注，通过观察细胞内嗜酸性颗粒等病理特征分类判定）6类。
滤泡亚型：肿瘤细胞部分呈现滤泡结构，需与滤泡状癌鉴别。该亚型在不同年龄和性别分布上与经典型有一定重叠，有甲状腺疾病病史人群中也可能出现，其病理特征是兼具乳头状癌和滤泡状癌的部分特点，依靠病理组织学观察来区分。
高细胞亚型：肿瘤细胞高度明显增高，细胞高度至少是宽度的2倍。在各年龄和性别均可发生，生活方式因素影响相对较小，有甲状腺相关病史者需重点关注，通过显微镜下观察细胞高度等形态学指标来判定。
柱状细胞亚型：肿瘤细胞呈柱状，常排列成假复层。不同年龄、性别均有出现可能，有甲状腺疾病病史人群需留意，病理检查中观察细胞形态及排列方式是关键。
弥漫硬化亚型：常伴有广泛的纤维化和砂粒体，多发生于年轻女性，可能与遗传等因素关系较密切，有甲状腺疾病家族史等情况需格外注意，病理表现为弥漫的硬化改变等特征。
嗜酸细胞亚型：肿瘤细胞富含嗜酸性颗粒，又称Hurthle细胞亚型。各年龄、性别均可发病，有甲状腺相关病史人群要关注，通过观察细胞内嗜酸性颗粒等病理特征来进行分类判定。
