肛门闭锁主要通过手术治疗，低位肛门闭锁生后可手术，多采用会阴肛门成形术；高位肛门闭锁根据患儿情况选1-3个月内手术，可采用腹骶会阴肛门成形术或腹腔镜辅助下肛门成形术。术后要一般护理、排便功能训练，新生儿要密切观察生命体征、注意保暖和喂养，伴有其他畸形需多学科协作治疗。
手术时机：对于低位肛门闭锁，一般生后即可手术；对于高位肛门闭锁，应根据患儿的一般情况，如营养状况、有无合并其他畸形等，选择合适的时机进行手术，一般建议在出生后1-3个月内手术，但对于情况较差的患儿，需先改善一般状况后再行手术。对于新生儿期一般情况较差的患儿，可先行结肠造瘘术，改善一般状况后再行肛门重建术。
手术方式
低位肛门闭锁手术：多采用会阴肛门成形术。通过会阴入路，游离直肠盲端，然后将直肠盲端与会阴皮肤吻合，形成肛门。
高位肛门闭锁手术：常采用腹骶会阴肛门成形术。需要经腹部游离直肠，经骶尾部进入会阴部，然后将直肠与肛门皮肤吻合。也可采用腹腔镜辅助下的肛门成形术，具有创伤小、恢复快等优点，但对手术设备和医生技术要求较高。
术后护理及注意事项
一般护理：术后需保持手术部位清洁，定期换药，观察伤口有无感染、出血等情况。注意患儿的营养支持，对于新生儿，应保证充足的奶量摄入，以促进身体恢复。
排便功能训练：术后需要进行排便功能训练，帮助患儿逐渐建立正常的排便反射。一般在术后2-3个月开始进行，通过定时让患儿坐便盆等方式，训练患儿的排便习惯。
特殊人群考虑
新生儿：新生儿身体各器官功能尚未发育完善，术后要密切观察生命体征，包括体温、心率、呼吸等，注意保暖，因为新生儿体温调节能力较差。同时，要注意喂养，保证营养供给，促进伤口愈合和身体恢复。
伴有其他畸形的患儿：如果肛门闭锁患儿伴有其他先天性畸形，如心脏畸形、消化道其他部位畸形等，在治疗肛门闭锁的同时，需要多学科协作，对其他畸形进行相应的评估和治疗。例如，如果伴有心脏畸形，需要心内科医生参与评估手术风险和制定治疗方案，确保患儿能够耐受手术。
