子宫纵隔的发生与胚胎发育异常、遗传因素、环境因素有关。胚胎发育异常时双侧副中肾管融合不完全可致不同程度纵隔；遗传因素使家族有病史者后代发病风险增高；孕期不良环境接触（化学毒物、放射性物质）及感染（TORCH感染等）会增加子宫纵隔发生风险，孕早期感染影响更大。
一、胚胎发育异常
子宫纵隔的形成主要与胚胎发育过程中的异常有关。在胚胎时期，双侧副中肾管融合形成子宫，如果在融合过程中出现异常，就可能导致子宫纵隔的发生。例如，胚胎在发育早期受到某些因素影响，使得双侧副中肾管融合不完全，从而形成不同程度的纵隔，从完全纵隔到部分纵隔不等。这种胚胎发育的异常是子宫纵隔发生的重要内在因素，且不受年龄、性别等外在因素的直接控制，但不同年龄段的胚胎发育情况不同，可能影响纵隔形成的概率和程度。
二、遗传因素
遗传因素也可能在子宫纵隔的发生中起到一定作用。有研究表明，某些遗传基因的异常可能会增加子宫纵隔发生的风险。如果家族中有子宫纵隔的病史，那么家族成员携带相关遗传基因的概率相对较高，后代发生子宫纵隔的可能性也会相应增加。不过，遗传因素并非是单一决定子宫纵隔发生的因素，还需要结合其他环境等因素共同作用。对于有家族遗传倾向的人群，在备孕及孕期需要更加密切关注胚胎发育情况，以便早期发现可能存在的子宫纵隔问题。
三、环境因素
1.孕期不良环境接触：孕妇在孕期如果接触到一些有害的环境因素，如化学毒物（如苯、甲醛等）、放射性物质等，可能会影响胚胎的正常发育，进而增加子宫纵隔发生的风险。例如，长期处于含有高浓度化学毒物的工作环境或生活环境中的孕妇，其胚胎发育异常的概率可能会升高，其中就包括子宫纵隔的形成。
2.感染因素：孕期发生某些感染，如TORCH感染（包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等感染），也可能对胚胎发育产生不良影响，增加子宫纵隔发生的可能性。感染可能会通过影响胚胎发育过程中的细胞分化、组织形成等环节，导致子宫结构发育异常，出现纵隔情况。不同孕期阶段感染的风险不同，孕早期是胚胎发育关键时期，此时感染对子宫纵隔形成的影响相对更大。
