肛乳头瘤常见症状有肛门不适，早期无明显自觉症状，病情发展后有异物感、坠胀感，儿童表现为搔抓肛门、坐立不安等；有排便不尽感，儿童表现为排便时间延长、便后哭闹；有肛门瘙痒，女性因会阴部潮湿更易发生，儿童皮肤娇嫩易搔抓加重损伤；有出血，量少，大便表面带血或手纸有血迹，老年需鉴别其他肛肠疾病，儿童需排除其他出血原因；有乳头瘤脱出，初期可自行回纳，进展后需手推或无法回纳，成年及儿童出现脱出均应及时就医。
肛门不适：早期患者一般无明显自觉症状，随着病情发展，可能会感到肛门内有异物感。尤其在排便时，这种异物感可能会更明显，部分患者会感觉肛门部有坠胀感，特别是在长时间站立、行走或久坐后，坠胀感可能会加重。对于儿童患者，由于其表达能力相对有限，家长需留意孩子是否出现频繁用手搔抓肛门、坐立不安等异常表现，这可能提示存在肛门不适的情况。
排便不尽感：患者排便时会有排不干净的感觉，总觉得粪便没有完全排出体外。这是因为肛乳头瘤占据了部分肛管空间，影响了粪便的正常排出。在年龄较小的儿童中，可能表现为排便时间较以往延长，且排便后仍有哭闹不安等情况，需引起家长重视。
肛门瘙痒：由于乳头瘤脱出肛门外，会刺激肛门周围的皮肤，导致分泌物增多，这些分泌物可能会刺激肛周皮肤，引起瘙痒症状。对于女性患者，由于会阴部相对潮湿，肛门瘙痒可能会更易发生且不易缓解；而儿童患者，皮肤较为娇嫩，瘙痒可能会导致其不自觉地搔抓肛门，进一步加重局部皮肤的损伤和不适。
出血：一般出血量较少，大便表面可能会带血，或便后手纸上有血迹。这是因为排便时乳头瘤与肛管黏膜摩擦，导致黏膜破损而出血。在老年患者中，由于可能合并有其他肛肠疾病，如痔疮等，需要注意鉴别出血的来源；对于儿童患者，若出现大便带血，需警惕是否存在肛乳头瘤等肛肠疾病，同时要排除肠道寄生虫等其他可能导致出血的原因。
乳头瘤脱出：这是较典型的症状之一，当肛乳头瘤增大到一定程度时，在排便等腹压增加的情况下，会脱出肛门外。初期乳头瘤较小，脱出后可自行回纳；随着病情进展，脱出的乳头瘤需用手推回甚至无法回纳。对于成年患者，若发现有乳头瘤脱出肛门外的情况，应及时就医；儿童患者若出现肛门有肿物脱出，家长应尽快带其到医院就诊，明确诊断。
