子宫纵隔形成主要与胚胎发育过程中的异常相关，包括胚胎时期基因调控因素，某些特定基因异常干扰子宫正常发育致双侧中肾旁管融合障碍形成纵隔，遗传因素使家族有子宫发育异常病史者后代风险增加；激素水平影响，胚胎期激素环境异常如雌激素、孕激素失衡干扰子宫正常分化；还有潜在环境因素，妊娠早期接触致畸物质可能增加风险，但相对少见，不同年龄女性胚胎发育阶段已确定形成原因，有家族遗传倾向人群风险更高，生活方式无直接证据致子宫纵隔，有家族史人群孕前遗传咨询有益。
胚胎时期的基因调控因素
在胚胎发育的早期阶段，基因调控起着关键作用。某些特定基因的突变或表达异常可能干扰了子宫的正常发育，导致纵隔的形成。例如，涉及中肾旁管（苗勒管）发育相关的基因出现异常时，就可能影响子宫的形态分化，使得双侧中肾旁管融合过程发生障碍，进而形成纵隔。研究表明，遗传因素在子宫纵隔的发生中占有一定比例，家族中如果存在子宫发育异常的病史，后代发生子宫纵隔的风险可能会增加。
激素水平的影响
在胚胎发育过程中，激素水平的波动也可能对子宫纵隔的形成产生作用。女性在胚胎时期，体内激素环境的异常，如雌激素、孕激素等水平的失衡，可能干扰子宫的正常分化。例如，雌激素水平过高或孕激素水平相对不足时，可能影响中肾旁管的融合进程，导致纵隔结构的出现。不过，这种激素水平的异常往往与胚胎自身的基因等因素相互作用，共同影响子宫的发育。
环境因素的潜在影响
虽然环境因素对子宫纵隔形成的直接作用相对不那么突出，但一些不良的环境因素也可能在一定程度上增加子宫纵隔的发生风险。例如，孕妇在妊娠早期接触某些致畸物质，如某些化学毒物、放射性物质等，可能干扰胚胎的正常发育，包括影响子宫的形态分化，从而增加子宫纵隔的发生几率。不过，这类环境因素导致子宫纵隔的情况相对较少见，更多的还是与胚胎自身的发育异常相关。
不同年龄阶段的女性，子宫纵隔的形成原因在胚胎发育阶段就已确定，而对于有家族遗传倾向的人群，其发生子宫纵隔的风险相对更高。在生活方式方面，目前并没有直接证据表明特定的生活方式会直接导致子宫纵隔，但保持健康的生活方式对于整体生殖健康有益。对于有子宫纵隔相关家族史的人群，在孕前进行遗传咨询等可能有助于早期发现和干预相关问题。
