肛乳头瘤常见症状有肛门不适，瘤体增大时肛门有异物感、排便坠胀或轻度疼痛且久坐久站等后加重；有排便不尽感，因瘤体刺激直肠黏膜致感觉神经紊乱，久坐、便秘者易加重；肛门瘙痒，瘤体刺激致分泌物增多刺激肛周皮肤，不注意卫生或儿童、老年患者情况有别；便血，量少多为粪便表面带血或手纸有血迹，有其他肛肠病时需鉴别；较大瘤体排便时脱出肛门外，初期可自行回纳，增大后需手推甚至无法回纳，脱出不及时回纳可嵌顿致剧痛，儿童和老年患者情况有差异。
肛门不适：早期肛乳头瘤较小，一般无明显症状，随着瘤体增大，患者可感觉肛门内有异物感，尤其是在排便时可能会感到肛门部有坠胀感或轻度疼痛，这种不适可能会在久坐、久站或行走较长时间后加重，对于不同年龄、性别的人群，感受可能略有差异，比如年轻女性可能更关注日常活动中的不适对生活的影响，而老年男性可能更在意长时间活动后的症状变化。
排便不尽感：部分患者会出现排便不尽的感觉，总觉得肛门内有粪便未排干净，这是因为肛乳头瘤刺激直肠黏膜，导致直肠感觉神经功能紊乱，使患者产生持续的便意，但实际上并没有多少粪便排出。这种情况在生活方式方面，如果患者长期久坐、缺乏运动，可能会加重肠道蠕动功能下降，进而加重排便不尽感；有便秘病史的患者，由于粪便干结，对肛门的刺激更明显，也更容易出现排便不尽感。
肛门瘙痒：由于瘤体刺激肛门，导致分泌物增多，分泌物可流出肛门外刺激肛周皮肤，引起肛门瘙痒。如果患者不注意肛周卫生，瘙痒会更加明显，而且搔抓可能会进一步损伤肛周皮肤，导致瘙痒加重和皮肤破损等情况。对于儿童患者，由于自控能力差，搔抓可能更频繁，需要家长格外注意保持肛周清洁；老年患者皮肤相对干燥，肛门瘙痒可能会影响睡眠等生活质量。
便血：一般出血量较少，多为粪便表面带血或便后手纸上有血迹。这是因为排便时瘤体与肛管黏膜摩擦，导致黏膜破损出血。如果患者同时有痔疮等肛肠疾病，可能会掩盖肛乳头瘤导致的便血症状，需要仔细鉴别。在病史方面，如果患者有长期肛肠疾病史，出现便血时要及时排查肛乳头瘤等病变。
脱出：较大的肛乳头瘤可在排便时脱出肛门外，初期可自行回纳，随着瘤体增大，需用手推回甚至无法回纳。脱出的肛乳头瘤如果不能及时回纳，可能会导致嵌顿，引起剧烈疼痛。对于儿童患者，由于肛门括约肌相对较松弛，脱出的肛乳头瘤回纳相对较容易，但也需要及时处理；老年患者如果伴有肛门括约肌松弛等情况，脱出后回纳可能较困难，且嵌顿风险更高。
