肛门囊肿的引起因素包括肛腺感染（如粪便刺激肛窦致肛腺炎蔓延形成囊肿，儿童、成年女性特殊时期易受影响）、外伤（肛门受外伤致组织受损细菌侵入形成囊肿，特殊职业、老年人群需注意）、皮脂腺分泌旺盛（分泌旺盛排泄不畅致皮脂淤积形成囊肿，高油高脂饮食、青春期人群易高发）、肛肠疾病影响（肛瘘、肛裂等炎症蔓延或刺激致周围组织感染形成囊肿，此类患者需积极治疗原发疾病）
肛腺感染：肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及感染，如粪便损伤肛窦，细菌侵入肛腺后，可引起肛腺炎，炎症向肛管直肠周围间隙蔓延，进而形成囊肿。例如，长期便秘、腹泻等导致粪便频繁刺激肛窦，增加了肛腺感染的风险，从而为肛门囊肿的形成埋下隐患。对于儿童来说，由于其肛门周围组织发育尚未完全成熟，肛窦相对较浅且容易受到不良因素影响，若不注意肛周卫生，更易发生肛腺感染进而引发肛门囊肿；而成年女性在妊娠等特殊生理时期，盆腔充血等因素可能影响肛周血液循环，也可能增加肛腺感染导致肛门囊肿的几率。
外伤：肛门部位受到外伤，如异物损伤、粗暴的肛门检查等，可能导致肛门周围组织受损，细菌趁机侵入，引发感染形成囊肿。比如，进行肛门直肠指检时操作不当造成局部组织损伤，若后续护理不当，就可能引发感染形成囊肿。对于从事特殊职业，如经常需要接触硬物导致肛门外伤风险较高的人群，需要特别注意保护肛门部位，避免外伤后感染引发肛门囊肿；老年人群由于组织修复能力相对较弱，肛门部位受伤后更易发生感染形成囊肿，因此在日常生活中要格外留意肛门部位的防护。
皮脂腺分泌旺盛：肛门周围皮脂腺分泌旺盛时，若分泌物排泄不畅，皮脂腺导管堵塞，皮脂淤积可形成囊肿。例如，一些人由于饮食习惯等因素导致皮脂腺分泌过多，若不能及时排出，就容易引发囊肿。对于有不良饮食习惯，如长期高油高脂饮食的人群，会促使皮脂腺分泌增加，进而增加肛门囊肿的发生风险；青春期人群由于激素水平变化，皮脂腺分泌较为旺盛，也是肛门囊肿的高发人群之一，需要注意保持肛门周围清洁，以减少皮脂腺分泌旺盛引发囊肿的可能。
肛肠疾病影响：某些肛肠疾病也可能诱发肛门囊肿，如肛瘘、肛裂等。肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，炎症可蔓延至周围组织形成囊肿；肛裂反复不愈，局部炎症刺激也可能导致肛门周围组织感染形成囊肿。患有肛瘘、肛裂等肛肠疾病的患者，由于疾病本身导致肛门周围局部环境处于易感染状态，相比常人更易出现肛门囊肿，因此这类患者需要积极治疗原发肛肠疾病，以降低肛门囊肿的发生风险。
