阴道囊肿的形成原因包括胚胎发育异常（如中肾管残留组织生长形成中肾管囊肿）、腺体潴留（阴道黏膜腺体或前庭大腺延伸相关腺体导管阻塞致分泌物潴留）、外伤相关（妇科手术或器械损伤、会阴部外力撞击等致组织修复异常形成）以及先天性因素相关的苗勒管残留囊肿。
一、胚胎发育异常导致的阴道囊肿
在胚胎发育时期，阴道是由尿生殖窦上皮增殖形成的窦阴道球演化而来。如果在这个过程中出现组织分化异常等情况，就可能形成阴道囊肿。例如，中肾管残留组织在阴道壁内生长，可发展为中肾管囊肿，这是因为中肾管在胚胎发育后期大部分退化消失，但部分残留组织可能持续存在并形成囊肿结构，这种情况在女性胚胎发育过程中若出现异常分化就可能发生。
二、腺体潴留引起的阴道囊肿
1.阴道黏膜腺体：阴道黏膜存在多种腺体，如宫颈腺等。当阴道黏膜的腺体导管发生阻塞时，腺体分泌的液体就会潴留形成囊肿。比如，宫颈的黏液腺导管阻塞，黏液积聚就可能形成囊肿，这种情况在青春期后女性相对更易发生，因为青春期后腺体分泌活动相对活跃，导管阻塞的风险相对增加。
2.前庭大腺延伸相关腺体：前庭大腺的腺管如果向阴道方向延伸部分出现阻塞，也可能导致分泌物潴留形成阴道囊肿。这与前庭大腺的解剖结构特点有关，其腺管较长，在某些因素影响下容易发生阻塞情况，不同年龄女性都可能因腺管阻塞而出现这种情况，但具体机制与个体的腺体分泌状态、导管结构等因素相关。
三、外伤相关的阴道囊肿
1.手术或器械损伤：在一些妇科手术过程中，如阴道相关手术操作，如果对阴道组织造成损伤，在组织修复过程中可能形成囊肿。例如，进行阴道局部手术时，组织损伤后形成的瘢痕可能导致局部导管阻塞，进而形成潴留性囊肿。对于有妇科手术史的女性，需要密切关注阴道情况，因为手术损伤是可能诱发阴道囊肿的一个因素。
2.外力撞击等外伤：女性会阴部受到外力撞击等外伤时，阴道组织可能受损，局部组织在修复过程中也可能出现异常，如形成血肿机化后包裹液体等情况形成囊肿。年轻女性如果有会阴部外伤史，就需要考虑外伤可能是阴道囊肿形成的原因之一，外伤后局部组织的修复异常是关键因素。
四、先天性因素相关的其他阴道囊肿
1.苗勒管残留囊肿：苗勒管在女性生殖系统发育中形成子宫、输卵管等结构，其残留组织也可能在阴道部位形成囊肿。这种先天性的苗勒管残留组织异常发育形成囊肿，与胚胎时期苗勒管的分化发育异常有关，不同性别发育过程中苗勒管的分化差异导致女性如果苗勒管残留组织出现异常就可能形成相应的阴道囊肿结构，在胚胎形成早期的发育异常就已决定了这种囊肿的潜在可能性。
