食管克罗恩病病因未完全明确，与遗传、免疫、环境等因素相关，遗传因素中某些基因及种族差异有影响，免疫因素是关键环节致炎症反应，环境因素包括感染、饮食、吸烟等，不同年龄发病情况有别，有家族史人群高危，健康生活方式可降发病风险。
免疫因素：免疫系统异常是克罗恩病发病的关键环节。在食管克罗恩病中，免疫系统被异常激活，机体的免疫细胞（如淋巴细胞、巨噬细胞等）发生功能紊乱。肠道黏膜免疫系统处于持续的免疫激活状态，导致炎症因子如肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-1（IL-1）、白细胞介素-6（IL-6）等大量释放，这些炎症因子会引起食管黏膜的炎症反应，导致黏膜的损伤、溃疡形成等病理改变。这种异常免疫反应可能是先天性的免疫调节缺陷，也可能是后天环境因素触发了原本存在免疫易感性个体的免疫异常激活。
环境因素
感染因素：虽然尚未明确具体是哪种病原体直接导致食管克罗恩病，但有研究提示某些病原体可能参与了发病过程。例如，一些细菌、病毒等病原体的感染可能通过分子模拟机制，使机体免疫系统错误地将自身组织当作病原体进行攻击，从而引发异常的免疫反应，进而影响食管部位的黏膜组织，导致食管克罗恩病的发生。比如某些肠道常见细菌的成分与人体自身组织成分有相似结构，当人体感染这些细菌后，免疫系统在攻击细菌时可能误伤到食管黏膜组织。
饮食因素：不合理的饮食结构可能与食管克罗恩病的发病有关。长期高脂肪、高糖、低纤维的饮食可能影响肠道菌群的平衡，肠道菌群失调后可能影响肠道的免疫功能和黏膜屏障功能。例如，肠道有益菌数量减少，有害菌增多时，可能导致肠道炎症反应的发生，这种肠道内环境的改变可能会波及食管部位，增加食管克罗恩病的发病风险。另外，某些食物过敏原的摄入也可能诱发肠道和食管的免疫反应，从而促进食管克罗恩病的发生。
吸烟：吸烟是克罗恩病的一个危险因素，对于食管克罗恩病也可能产生影响。吸烟会影响机体的免疫功能、血管收缩以及黏膜的防御机制等。吸烟产生的有害物质会进入人体循环，影响食管黏膜的血液循环和免疫状态，增加食管黏膜发生炎症损伤的可能性，从而可能促使食管克罗恩病的发生发展。
对于不同年龄的人群，儿童和青少年由于免疫系统发育尚未完全成熟，可能更容易受到遗传和环境因素的综合影响而发病；成年人则可能在长期的不良生活方式、感染等因素作用下引发食管克罗恩病。性别方面，目前并没有明确的性别差异导致食管克罗恩病发病率有显著不同，但在疾病的临床表现和病情严重程度上可能存在个体差异。有克罗恩病家族史的人群属于高危人群，需要更加关注自身健康状况，定期进行相关检查，以便早期发现食管克罗恩病。在生活方式上，保持健康的饮食结构、戒烟限酒等有助于降低食管克罗恩病的发病风险。
