肛窦炎的治疗包括一般治疗、药物治疗和手术治疗。一般治疗有坐浴（温水或中药制剂，每日1-2次，每次15-20分钟，不同人群需注意特殊情况）和保持肛门清洁（养成良好排便习惯，便后清洁，不同人群有相应注意事项）；药物治疗包括合并细菌感染时用抗生素类药物（局部或全身，注意特殊人群用药）和用抗炎类药物（谨慎使用，用于严重炎症）；手术治疗有肛窦切开术（保守治疗无效、有脓肿倾向时，不同年龄患者操作需调整）和肛窦切除术（病变严重反复时，注意有基础疾病患者的术前术后情况）。
一、一般治疗
1.坐浴
可使用温水或中药制剂进行坐浴，每日1-2次，每次15-20分钟。温水坐浴能清洁肛门局部，改善血液循环，缓解肛窦炎引起的不适。对于不同年龄、性别等人群均适用，一般人群通过坐浴可减轻炎症部位的充血水肿等情况。而对于有肛周皮肤破损等特殊情况的人群，需谨慎操作，避免加重局部损伤。
中药坐浴可根据中医辨证选用相应方剂，如湿热下注型可选用具有清热利湿作用的中药方，通过中药的药效作用进一步减轻肛窦的炎症反应。
2.保持肛门清洁
要养成良好的排便习惯，排便后及时清洗肛门，保持局部清洁干燥。对于儿童，家长需帮助其养成便后清洁肛门的习惯，选择柔软的纸巾轻柔擦拭，避免损伤肛门皮肤；对于女性，经期更要注意肛门局部的清洁卫生，可使用温水清洗后用干净的毛巾擦干；对于老年人，由于身体机能下降，更要注重肛门局部的清洁，防止细菌滋生加重肛窦炎。
二、药物治疗
1.抗生素类药物
当肛窦炎合并细菌感染时，可根据病情选用合适的抗生素。例如对于革兰阴性菌感染可能会选用喹诺酮类等抗生素，但需严格遵循医疗规范，根据患者具体情况如有无药物过敏史等选择，一般不针对低龄儿童首选此类可能有潜在风险的抗生素。
局部可使用抗生素栓剂，如痔疮栓等，将其塞入肛门内，直接作用于肛窦炎症部位，发挥抗菌消炎作用。
2.抗炎类药物
局部可使用糖皮质激素软膏等抗炎药物，但需谨慎使用，因其可能有一定副作用，对于儿童等特殊人群更要严格掌握适应证和使用剂量等。一般用于炎症较严重且其他治疗效果不佳的情况，通过减轻局部炎症反应来缓解症状。
三、手术治疗
1.肛窦切开术
适用于肛窦炎保守治疗无效，且肛窦内已成脓、有明确脓肿形成倾向的情况。手术时切开肛窦，引流脓液，清除感染病灶。对于不同年龄的患者，手术操作需根据其身体状况等进行调整，儿童由于肛门组织较为娇嫩，手术操作要更加精细，避免损伤周围组织；老年人则要考虑其身体的耐受情况等，术后要加强护理，促进伤口愈合。
2.肛窦切除术
对于反复发生肛窦炎，且肛窦病变较为严重、范围较大的患者可考虑此手术。切除病变的肛窦组织，去除感染源。在手术前后要关注患者的全身情况，如有无基础疾病等，对于有糖尿病等基础疾病的患者，要控制好血糖等指标，以利于手术恢复和减少术后并发症的发生。
