甲状腺疾病有多种常见并发症，甲状腺功能亢进相关并发症包括甲状腺危象（未积极治疗者易发生，诱因多，表现为高热等）、甲亢性心脏病（长期未控可致心脏受累）、骨质疏松（甲亢影响骨代谢，绝经后女性更易发生）；甲状腺功能减退相关并发症有黏液性水肿昏迷（病情严重未及时诊治者易在诱因下出现，老年患者风险高）、心血管系统并发症（致血脂异常等增加心血管病风险）、消化系统并发症（引起胃肠功能紊乱影响营养吸收）；甲状腺炎相关并发症中，亚急性甲状腺炎恢复期可现一过性甲减，急性期有甲状腺区域疼痛影响生活，自身免疫性甲状腺炎病情进展可致甲减并出现甲减相关并发症，儿童期患病未及时治会影响生长发育和智力发育。
甲状腺危象：多发生于未积极治疗或治疗不充分的甲状腺功能亢进（甲亢）患者，是甲亢病情急剧恶化的严重并发症。其诱因常为感染、手术、创伤等。临床表现为高热（体温可达39℃以上）、大汗、心动过速（心率常＞140次/分）、烦躁不安、谵妄甚至昏迷等。研究表明，甲亢患者若未规范治疗，发生甲状腺危象的风险显著增加，且老年患者由于机体代偿能力相对较弱，发生甲状腺危象时病情往往更为凶险。
甲亢性心脏病：长期未控制的甲亢可导致心脏受累，出现心律失常（如心房颤动等）、心脏扩大、心力衰竭等。流行病学研究显示，约5%-10%的甲亢患者会并发甲亢性心脏病，年龄较大的甲亢患者发生甲亢性心脏病的概率相对更高，女性患者在这方面的发病情况与男性有所不同，可能与女性内分泌特点等因素相关。
骨质疏松：甲亢时甲状腺激素水平升高会影响骨代谢，导致骨量丢失，增加骨质疏松的发生风险。尤其是绝经后女性甲亢患者，由于本身绝经后骨丢失就较快，再合并甲亢，骨量丢失进一步加剧，更容易发生骨质疏松，进而增加骨折的风险。
甲状腺功能减退相关并发症
黏液性水肿昏迷：常见于病情严重且未及时诊治的甲状腺功能减退（甲减）患者，多在寒冷、感染、使用镇静剂等诱因下诱发。临床表现为低体温（体温＜35℃）、意识障碍、呼吸抑制、心动过缓等，是甲减最严重的并发症，病死率较高。老年甲减患者由于机体功能衰退，对寒冷等诱因的耐受能力差，发生黏液性水肿昏迷的风险明显高于其他人群。
心血管系统并发症：甲减可引起血脂代谢紊乱，导致高胆固醇血症等，进而增加动脉粥样硬化的发生风险，使冠心病等心血管疾病的发病几率升高。同时，甲减还可能导致心包积液等心脏结构异常，影响心脏功能。对于合并有基础心血管疾病的甲减患者，病情控制不佳时心血管系统并发症的发生风险会进一步增加。
消化系统并发症：甲减患者常出现胃肠道功能紊乱，如食欲减退、腹胀、便秘等。长期的胃肠道功能异常可能会影响营养物质的吸收，尤其是对于儿童甲减患者，会影响其生长发育，因为生长发育所需的营养物质吸收不良会受到明显影响。
甲状腺炎相关并发症
亚急性甲状腺炎：部分患者在亚急性甲状腺炎恢复期可能会出现一过性甲减，但多数可恢复。在疾病急性期，患者会出现甲状腺区域疼痛，疼痛可放射至耳部等部位，影响患者的日常生活和休息，尤其是疼痛较为剧烈时，会严重干扰患者的睡眠和进食等。
自身免疫性甲状腺炎（如慢性淋巴细胞性甲状腺炎）：随着病情进展，可能会发展为甲减，一旦发展为甲减，就会出现上述甲减相关的一系列并发症，如前面提及的心血管系统、消化系统等方面的并发症。儿童时期患自身免疫性甲状腺炎，若未及时发现和治疗，会影响儿童的生长发育和智力发育，因为甲状腺激素对儿童的生长发育和神经系统发育至关重要。
