甲状腺囊肿的发生因素包括先天性和后天性，先天性因素有胚胎期甲状腺组织分化异常；后天性因素涉及炎症相关（自身炎症及邻近组织炎症波及）、碘摄入异常相关（碘缺乏和碘摄入过量）、其他后天因素（内分泌紊乱、放射性暴露、遗传易感性），这些因素从不同方面影响甲状腺组织，导致甲状腺囊肿形成。
一、先天性因素
（一）甲状腺发育异常相关
1.胚胎期甲状腺组织分化异常：在胚胎发育过程中，甲状腺始基的正常迁移、分化出现障碍时，可能导致甲状腺局部结构异常，进而引发甲状腺囊肿。例如，胚胎第4周时，甲状腺始基自舌盲孔部位开始向颈部下移，如果下移过程中出现偏差或停滞，就可能影响甲状腺的正常结构形成，增加甲状腺囊肿发生风险。这种情况在胎儿时期就已存在异常发育基础，与遗传等因素可能有关联，部分先天性甲状腺发育异常的患儿从出生后就可能存在甲状腺形态或结构异常相关表现。
二、后天性因素
（一）炎症相关
1.甲状腺自身炎症：当甲状腺发生慢性炎症时，炎症细胞浸润会导致甲状腺组织发生变性、坏死等改变，进而形成囊肿。比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（自身免疫性甲状腺炎），机体的免疫系统错误地攻击甲状腺组织，引起甲状腺滤泡的破坏和增生，局部组织液积聚等情况可能促使囊肿形成。炎症的持续存在会不断刺激甲状腺组织，影响其正常的生理功能，长期的炎症刺激是导致甲状腺囊肿后天形成的一个重要原因，不同年龄人群都可能因自身免疫功能紊乱等引发此类炎症进而导致囊肿。
2.邻近组织炎症波及：颈部其他邻近组织的炎症，如颈部淋巴结炎等，如果炎症蔓延波及到甲状腺，也可能影响甲状腺组织，引发甲状腺局部的病理改变，增加甲状腺囊肿发生几率。例如颈部软组织的细菌感染引发炎症后，炎症因子扩散至甲状腺区域，干扰甲状腺的正常结构和功能，使得甲状腺组织出现异常变化，从而可能形成囊肿。
（二）碘摄入异常相关
1.碘缺乏：碘是合成甲状腺激素的重要原料，当人体长期处于碘缺乏状态时，甲状腺会通过增大自身来试图摄取更多碘，以满足合成甲状腺激素的需求，这种长期的代偿性增生可能导致甲状腺组织出现囊性变。例如在一些碘缺乏地区，居民长期饮食中碘摄入不足，甲状腺滤泡上皮细胞不断增生，部分区域出现液体积聚形成囊肿。不同年龄人群在碘缺乏环境下都可能受到影响，儿童时期碘缺乏会影响甲状腺正常发育和功能，增加甲状腺囊肿发生风险；成年人碘缺乏也会使甲状腺处于异常的代偿状态，容易引发囊肿等病变。
2.碘摄入过量：虽然相对碘缺乏来说较为少见，但长期碘摄入过量也可能导致甲状腺功能紊乱，进而引起甲状腺囊肿。过量的碘会干扰甲状腺激素的正常合成与调节，影响甲状腺滤泡的正常结构和功能，导致滤泡内液体异常积聚形成囊肿。例如长期大量食用含碘量极高的食物或药物，就可能使甲状腺处于碘负荷过重状态，增加甲状腺囊肿发生的可能性，不同年龄和性别的人群都可能因碘摄入过量而受到影响。
（三）其他后天因素
1.内分泌紊乱：女性在青春期、妊娠期、哺乳期等特殊生理时期，体内内分泌水平会发生较大波动。以妊娠期为例，孕妇体内雌激素、孕激素等水平显著升高，可能影响甲状腺的生理功能，导致甲状腺组织出现增生、囊性变等情况。而长期的内分泌紊乱状态，如甲状腺自身的促甲状腺激素（TSH）分泌异常等，也会打破甲状腺的正常平衡，使得甲状腺组织容易发生囊肿样改变。不同性别在不同生理阶段内分泌状态不同，女性相对更易因生理时期的内分泌变化而出现甲状腺囊肿相关问题。
2.放射性暴露：长期接受放射性物质照射，如头颈部曾进行过放射性治疗等，会对甲状腺组织造成损伤，影响甲状腺细胞的正常功能和结构，增加甲状腺囊肿的发生风险。例如因某些头颈部恶性肿瘤接受放射性治疗的患者，在治疗后一定时间内可能出现甲状腺组织的异常改变，包括形成囊肿。不同年龄人群中接受过头颈部放射性暴露的个体都可能面临甲状腺囊肿发生风险增加的情况，儿童由于对辐射更敏感，风险相对更高。
3.遗传易感性：某些遗传因素可能使个体更容易发生甲状腺囊肿。如果家族中有甲状腺囊肿患者，那么其他家族成员可能携带相关的易感基因，使得他们在相同的环境因素等影响下，比一般人群更易出现甲状腺组织的异常病变，进而形成囊肿。遗传因素通过影响个体的甲状腺细胞特性、代谢等方面，增加了甲状腺囊肿发生的潜在可能性，不同年龄和性别的家族成员都可能因遗传易感性而面临不同程度的风险。
