并不存在治疗慢性肠炎最佳药物，常用药物为抗生素、益生菌、止泻药、抗炎药、糖皮质激素等，但药物均需遵医嘱使用。
1.抗生素
对于由细菌感染引起的慢性肠炎，常用的抗生素有诺氟沙星、环丙沙星、甲硝唑等。这些药物可以抑制或杀灭肠道内的有害细菌，减轻炎症反应。但长期使用可能导致肠道菌群失调，因此需谨慎使用。
2.益生菌
如双歧杆菌四联活菌片、地衣芽孢杆菌活菌胶囊、干酪乳杆菌等。益生菌可以调节肠道菌群平衡，增强肠道屏障功能，抑制有害菌的生长繁殖，改善肠道微生态环境，对缓解慢性肠炎症状有一定作用。
3.止泻药
蒙脱石散可以吸附肠道内的毒素和病原体，保护肠道黏膜，减少腹泻次数。复方地芬诺酯片、洛哌丁胺等可以抑制肠道蠕动，缓解腹泻症状，但使用时需注意避免引起便秘。
4.抗炎药
柳氮磺吡啶、美沙拉嗪、布洛芬等常用于治疗溃疡性结肠炎等炎症性肠病引起的慢性肠炎。它们可以抑制肠道炎症反应，减轻肠道黏膜的损伤。
5.糖皮质激素
对于病情严重的慢性肠炎患者，如溃疡性结肠炎急性发作期，可使用泼尼松、地塞米松、甲泼尼松等糖皮质激素药物。这些药物具有强大的抗炎作用，但长期使用可能会有较多副作用，需在医生严格指导下使用。
慢性肠炎的治疗不能仅依赖药物，还应结合生活方式的调整。患者应注意饮食卫生，避免食用生冷、油腻、辛辣等刺激性食物，戒烟戒酒，保持规律的作息时间。同时，要注意腹部保暖，避免精神紧张和焦虑，这些因素都可能影响肠道的功能，加重慢性肠炎的症状。
