乳糖不耐受与牛奶蛋白过敏在发病机制、临床表现、诊断方法及处理预防措施上存在差异，发病机制方面乳糖不耐受因乳糖酶缺乏等，牛奶蛋白过敏是异常免疫反应；临床表现上乳糖不耐受以消化系统症状为主，牛奶蛋白过敏累及多系统；诊断方法不同；处理预防上乳糖不耐受可通过选择特殊奶粉等，牛奶蛋白过敏需避免接触牛奶蛋白食物并选特殊配方奶粉等。
一、发病机制差异
1.乳糖不耐受：主要是由于体内乳糖酶缺乏，无法完全消化摄入的乳糖，未被消化的乳糖进入肠道后被肠道细菌分解发酵，产生气体等，引起腹胀、腹泻等症状，多与遗传、肠道疾病等因素导致乳糖酶分泌减少或活性降低有关，各年龄段均可发病，婴幼儿可能因先天性乳糖酶缺乏患病，成年人可能因肠道疾病等后天因素出现。
2.牛奶蛋白过敏：是机体对牛奶中特定蛋白质成分产生的异常免疫反应，属于Ⅰ型超敏反应，由免疫系统错误地将牛奶中的蛋白质识别为有害异物并发起攻击，常见于婴幼儿，与婴幼儿免疫系统发育不完善等因素相关。
二、临床表现不同
1.乳糖不耐受：消化系统症状为主，多在摄入含乳糖食物后0.5-2小时出现，表现为腹胀、腹痛、腹泻，大便多为黄色或青绿色稀便，可有泡沫，一般无皮疹等皮肤表现，全身症状相对较轻。
2.牛奶蛋白过敏：临床表现多样，可累及多个系统。消化系统方面可出现呕吐、腹泻、便血等；皮肤方面可出现湿疹、荨麻疹等；呼吸系统可出现咳嗽、喘息、流涕等；严重者可出现过敏性休克等全身症状，症状出现时间相对乳糖不耐受可能更早或更复杂。
三、诊断方法区别
1.乳糖不耐受：可通过氢呼气试验，若摄入乳糖后呼气氢浓度升高提示乳糖吸收不良；尿半乳糖检测，若尿中半乳糖浓度降低提示乳糖不耐受；乳糖耐量试验等辅助检查来诊断，结合患儿有乳糖摄入后相关症状可辅助诊断。
2.牛奶蛋白过敏：详细询问病史，包括家族过敏史、喂养史等，进行体格检查，实验室检查可检测食物特异性IgE等，皮肤点刺试验、斑贴试验等也可辅助诊断，必要时进行食物激发试验来明确诊断。
四、处理与预防措施差异
1.乳糖不耐受：预防方面可选择低乳糖或无乳糖奶粉喂养等。处理上，轻者可继续观察，重者可补充乳糖酶，或改用低乳糖、无乳糖食品。对于婴幼儿，要根据其月龄等情况合理选择合适的替代食品，保证营养摄入。
2.牛奶蛋白过敏：预防主要是避免接触牛奶及含牛奶蛋白的食物，对于婴儿建议母乳喂养，若无法母乳喂养可选择深度水解蛋白奶粉或氨基酸奶粉等特殊配方奶粉。处理上，一旦确诊需严格避免牛奶蛋白摄入，根据过敏症状严重程度采取相应治疗，如使用抗组胺药物等缓解症状，严重过敏反应需及时就医处理，对于婴幼儿要特别注意选择合适的替代奶粉并密切观察其生长发育情况。
