药流存在多方面危害，包括出血问题，如出血时间长、量多，超2倍月经量需清宫；流产不全，发生率10%-15%，可致持续出血、腹痛、宫腔感染，易引发妇科炎症，本身有妇科炎症者风险更高；对内分泌影响，干扰激素平衡致月经紊乱，多囊卵巢综合征女性加重症状；对心理影响，致焦虑、抑郁等不良情绪，首次流产者更易出现；特殊人群如严重心肝肾疾病者加重病情，哺乳期女性影响婴儿，多次流产史者并发症风险更高。
药物流产过程中可能出现出血时间长、出血量多的情况。一般来说，正常药物流产后的出血时间在1-2周左右，出血量类似于月经量或略多于月经量。但部分女性可能出现阴道大量出血，若出血量超过平时月经量的2倍以上，可能需要进行清宫手术来止血，这会对身体造成进一步的创伤。例如，有研究表明，约有5%-10%的药物流产女性会出现出血过多的情况，需要干预处理。
流产不全
药物流产存在流产不全的风险，即妊娠组织物没有完全排出体外。超声检查可发现宫腔内有残留的妊娠组织。流产不全可能导致持续阴道出血、腹痛，还可能引起宫腔感染，严重时会影响生殖系统功能，甚至导致不孕。据统计，药物流产的流产不全发生率在10%-15%左右。对于年龄较大、孕周较大的女性，流产不全的风险相对更高。
感染风险
由于阴道出血时间较长，子宫颈口处于开放状态，细菌容易逆行感染，引发子宫内膜炎、盆腔炎等妇科炎症。如果发生感染，可能出现发热、下腹痛、阴道分泌物有异味等症状，严重感染还可能扩散至全身，引起败血症等严重并发症。尤其是本身有阴道炎、宫颈炎等妇科炎症的女性，药物流产后感染的风险会进一步增加。
对内分泌的影响
药物流产使用的药物会影响女性的内分泌系统。米非司酮和米索前列醇会干扰体内激素的平衡，可能导致月经紊乱，出现月经周期延长或缩短、月经量增多或减少等情况。这种内分泌的紊乱一般需要数月时间才能逐渐恢复，但对于一些本身内分泌就不太稳定的女性，如患有多囊卵巢综合征的女性，可能会加重月经不调的症状。
对心理的影响
药物流产过程以及可能出现的各种并发症，会给女性带来较大的心理压力。例如，担心流产不全、出血过多、感染等问题，可能会产生焦虑、抑郁等不良情绪。尤其是年龄较小、首次经历药物流产的女性，心理承受能力相对较弱，更容易出现心理问题。
对于特殊人群，如患有严重心肝肾疾病的女性，药物流产可能会加重原有疾病的病情，因为药物需要通过这些器官代谢，增加了肝肾功能的负担；对于哺乳期女性，药物流产使用的药物可能会通过乳汁影响婴儿，因此哺乳期女性进行药物流产需要谨慎考虑；对于多次流产史的女性，药物流产后发生并发症的风险更高，如再次出现流产不全、感染等情况的概率增加，需要更加密切地监测身体状况。
