身上长痣的原因包括遗传因素（某些痣具遗传倾向，基因决定黑色素细胞特性影响痣形成）、紫外线照射（长期暴露刺激黑色素细胞产黑色素致长痣）、胚胎发育时期异常（黑色素细胞迁移异常致痣形成，先天性痣多由此因）、激素水平变化（青春期、孕期激素波动刺激黑色素细胞致痣变化）、年龄因素（随年龄增长长痣可能性增加，不同年龄段因身体变化长痣情况不同）及其他因素（某些慢性疾病间接影响，皮肤类型也有影响，如皮肤白者更易因紫外线长痣）。
某些类型的痣具有遗传倾向。研究表明，若家族中有多人患有特定类型的痣，个体遗传相关基因后长痣的概率可能增加。例如，一些常染色体显性遗传的痣相关综合征，会使携带相关基因的人群更容易出现痣的数量增多或特定形态的痣。从基因层面看，遗传物质决定了皮肤中黑色素细胞的分布、增殖等特性，从而影响痣的形成。
紫外线照射
长期暴露在紫外线下是导致长痣的重要环境因素。紫外线会刺激皮肤中的黑色素细胞产生更多的黑色素。黑色素是决定皮肤颜色的重要色素，当黑色素细胞受到紫外线刺激时，会过度活跃并聚集，逐渐形成痣。例如，经常在户外活动且不注意防晒的人群，相比长期室内工作者，皮肤受到紫外线照射更多，长痣的几率往往更高。不同波长的紫外线对皮肤的影响不同，中波紫外线（UVB）主要作用于皮肤表皮，会直接影响黑色素细胞的功能，促使其合成黑色素，进而增加痣形成的可能性。
胚胎发育时期的异常
在胚胎发育过程中，黑色素细胞的迁移出现异常也会导致痣的形成。胚胎时期，黑色素细胞从神经嵴向表皮迁移，如果在迁移过程中某些黑色素细胞停留在皮肤的不同部位，就会逐渐聚集形成痣。这种胚胎发育时期的异常是先天性痣形成的重要原因之一，先天性痣在出生时就可能存在，其大小、形态各异，有些较大的先天性痣甚至需要密切观察，因为存在一定的恶变风险。
激素水平变化
激素水平的变化也与痣的形成有关。例如，青春期、孕期女性体内激素水平波动较大，这可能会刺激黑色素细胞的活跃程度，导致痣的数量增加或原有痣的形态、颜色发生一定变化。青春期时，体内雄激素等激素水平升高，可能影响黑色素细胞的代谢等功能；孕期女性体内雌激素、孕激素等水平大幅上升，也会对黑色素细胞产生影响，使得部分女性在孕期发现身上新长了痣或者原有痣有所变化。
年龄因素
随着年龄的增长，长痣的可能性也会增加。儿童时期可能会出现一些先天性的痣，而到了青少年时期，由于身体发育、激素变化等因素，可能会新长出一些痣；成年人中，随着年龄的进一步增加，皮肤中的黑色素细胞功能也会发生一些变化，长痣的情况相对更为常见。一般来说，30岁以后，皮肤的新陈代谢等功能开始逐渐减缓，黑色素细胞的调节功能也可能有所下降，这使得痣的形成几率进一步升高。
其他因素
某些慢性疾病可能会间接影响痣的形成，不过这种情况相对较少见。另外，个体的皮肤类型也有一定影响，比如皮肤较白的人相对皮肤较黑的人，对紫外线更敏感，在相同的紫外线暴露情况下，更易因紫外线照射而长痣。
