怀孕早期孕酮低受多种因素影响，内分泌因素包括黄体功能不全（黄体分泌孕酮能力下降与黄体生成素不足等有关）、下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱（生活方式等干扰致激素分泌失衡）；胚胎因素有胚胎染色体异常（影响胚胎发育及孕酮分泌）；其他因素包含全身性疾病（如甲状腺功能减退症、糖尿病影响孕酮水平）、生活方式因素（长期吸烟、过度饮酒、长期熬夜等干扰孕酮分泌）。
一、内分泌因素
1.黄体功能不全：女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的重要结构，若黄体功能不全，其分泌孕酮的能力就会下降。正常情况下，黄体在排卵后形成，会持续分泌孕酮以支持早期妊娠。但当黄体功能出现问题时，就无法产生足够的孕酮来维持妊娠早期的需求。例如，有研究表明，在怀孕早期孕酮低的女性中，相当一部分存在黄体功能不全的情况，这与黄体生成素分泌不足等因素相关，黄体生成素不足会影响黄体的发育和功能，进而导致孕酮分泌减少。
2.下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱：下丘脑分泌促性腺激素释放激素，垂体分泌促卵泡生成素和促黄体生成素，它们共同调节卵巢的功能。如果下丘脑-垂体-卵巢轴功能出现紊乱，会影响到卵巢中孕酮的合成与分泌。比如，长期精神压力过大、过度节食等生活方式因素可能会干扰该轴的正常功能，导致激素分泌失衡，从而引起孕酮水平降低。对于处于生育年龄的女性，尤其是那些生活不规律、精神长期处于紧张状态的人，更容易出现这种轴功能紊乱的情况，进而影响孕酮水平。
二、胚胎因素
1.胚胎染色体异常：怀孕早期如果胚胎存在染色体异常的情况，会影响胚胎的正常发育，也可能导致孕酮分泌异常。染色体异常是导致早期流产的常见原因之一，同时，研究发现染色体异常的胚胎所种植的子宫局部微环境可能不利于孕酮的正常分泌。例如，一些染色体数目或结构异常的胚胎，其自身的发育潜力受限，会影响到母体与胚胎之间的激素调节平衡，使得孕酮分泌不足。在自然流产的胚胎中，很大比例存在染色体异常的情况，而这些胚胎对应的母体往往会出现孕酮低的现象。
三、其他因素
1.全身性疾病：一些全身性疾病也可能影响孕酮的水平。例如，甲状腺功能减退症，甲状腺激素对于维持正常的内分泌功能至关重要，甲状腺功能减退时，会影响到下丘脑-垂体-甲状腺轴以及相关的生殖内分泌轴，从而导致孕酮分泌减少。还有糖尿病等疾病，高血糖状态可能会影响身体的代谢和内分泌调节，进而对孕酮的合成和分泌产生不利影响。对于患有全身性疾病的女性，在怀孕早期需要密切监测孕酮水平，因为这些疾病可能会间接导致孕酮低的情况发生。
2.生活方式因素：不良的生活方式也可能与怀孕早期孕酮低相关。长期大量吸烟的女性，烟草中的有害物质会影响卵巢功能和内分泌调节，从而干扰孕酮的分泌。过度饮酒同样会对肝脏等器官功能产生影响，进而影响激素代谢，导致孕酮水平降低。此外，长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律，使得激素分泌失调，包括孕酮分泌异常。对于备孕及怀孕早期的女性，保持健康的生活方式，如戒烟限酒、规律作息等，对于维持正常的孕酮水平很重要。
