胰腺囊肿的形成有多种因素，包括先天性的胰腺分裂（背胰和腹胰融合异常致胰液引流不畅引发囊肿）、胆管胰管合流异常（胰液反流入胆管刺激致胰腺病变增加囊肿风险）；炎症性的急性胰腺炎后（炎症致胰液外渗积聚包裹成囊肿）、慢性胰腺炎（反复炎症损伤、纤维增生、胰管梗阻等致囊肿）；外伤因素的腹部外伤（外力致胰腺损伤、积聚包裹成囊肿）；肿瘤性的囊性肿瘤（如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤自身形成囊性结构）及其他肿瘤相关（实性肿瘤生长中囊性变形成囊肿样结构）
一、先天性因素
（一）胰腺分裂
胰腺在胚胎发育过程中，背胰和腹胰融合异常可导致胰腺分裂，这是先天性胰腺囊肿的一个重要原因。胚胎时期背胰和腹胰的导管未能正常融合，使得胰液引流不畅，长期可能引发囊肿形成。这种情况在不同年龄阶段都可能存在，且男性和女性发生概率并无明显差异，但在胰腺发育相关的胚胎学异常中较为常见，会影响胰腺正常的生理功能，进而导致囊肿出现。
（二）胆管胰管合流异常
胚胎发育时胆管与胰管的合流部位异常，正常情况下胆管与胰管在十二指肠壁内分别开口，而合流异常时两者在十二指肠壁外合流，胰液反流入胆管，长期刺激可引起胰腺组织病变，增加胰腺囊肿发生风险。该因素在先天性因素中占一定比例，与年龄、性别关系不突出，但从胚胎发育角度，任何影响胚胎胆管胰管发育的因素都可能导致这种异常。
二、炎症性因素
（一）急性胰腺炎后
急性胰腺炎发作时，胰腺组织受到炎症损伤，胰腺实质出现坏死、渗出等病理改变，胰液外渗积聚，周围组织包裹形成囊肿。急性胰腺炎多见于暴饮暴食后、胆道疾病患者等，男性和女性均可发病，发病年龄因基础疾病不同而异。例如，胆石症引发的急性胰腺炎在中老年人群中相对多见，炎症消退后仍可能遗留胰腺囊肿，这是因为炎症导致的局部组织修复异常，使得液体等积聚形成囊肿。
（二）慢性胰腺炎
慢性胰腺炎是由于各种原因引起的胰腺慢性进行性炎症，胰腺组织反复炎症损伤，纤维组织增生，胰管狭窄、阻塞，胰液排出受阻，逐渐形成囊肿。慢性胰腺炎的发生与长期饮酒、自身免疫性因素、胆道疾病等有关，男性发病率相对较高，发病年龄多在中年以后。长期的炎症刺激导致胰腺结构和功能持续受损，是慢性胰腺炎患者出现胰腺囊肿的重要原因，炎症引起的胰管梗阻和胰腺实质的纤维化改变共同作用促进囊肿形成。
三、外伤因素
（一）腹部外伤
腹部受到外力撞击等外伤时，胰腺可能遭受直接损伤，导致胰腺组织破裂、出血，血液、渗出液等积聚，周围组织包裹形成囊肿。外伤可发生在任何年龄和性别人群中，例如交通事故、高处坠落等导致的腹部外伤都可能累及胰腺。外伤后胰腺局部的病理改变使得组织修复过程中出现液体等积聚，若未得到及时有效的处理，就容易形成胰腺囊肿。
四、肿瘤性因素
（一）囊性肿瘤
胰腺的一些囊性肿瘤，如浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，肿瘤自身可形成囊性结构，逐渐发展为囊肿。浆液性囊腺瘤多见于中老年人群，女性相对多见；黏液性囊腺瘤可发生在不同年龄阶段，男女均可发病。肿瘤细胞的异常增殖导致形成囊性的病变，随着肿瘤的生长，囊肿逐渐增大，影响胰腺的正常功能。
（二）其他肿瘤相关
一些实性肿瘤在生长过程中可能发生囊性变，如胰腺导管腺癌等，肿瘤内部出现坏死、液化等改变，形成囊肿样结构。这种情况多见于有肿瘤高危因素的人群，如长期吸烟、有家族肿瘤史等，发病年龄因肿瘤类型和个体差异而异，男性和女性在肿瘤相关性胰腺囊肿的发生上并无绝对的性别差异，但肿瘤本身的生物学行为是导致胰腺囊肿形成的重要肿瘤性因素。
