孕酮分泌受多种因素影响，内分泌系统中下丘脑-垂体功能异常（不同年龄阶段影响不同）、卵巢功能减退（如卵巢早衰、多囊卵巢综合征及不良生活方式影响）会致孕酮异常；其他系统疾病里甲状腺疾病（甲亢、甲减影响下丘脑-垂体-性腺轴）、肾上腺疾病（肾上腺皮质增生等致激素失衡）会干扰孕酮分泌；孕妇群体中胚胎发育异常（影响hCG致黄体功能不全使孕酮低）、黄体功能不全（自身免疫等因素致孕酮不足）也会影响孕酮水平。
一、内分泌系统相关因素
1.下丘脑-垂体功能异常
下丘脑是调节内分泌的重要中枢，它分泌的促性腺激素释放激素等会影响垂体促性腺激素的分泌。如果下丘脑-垂体轴出现问题，例如下丘脑肿瘤、炎症等病变，可能导致促性腺激素分泌减少，进而影响卵巢分泌孕酮。垂体本身的疾病，如垂体瘤等，也会干扰促性腺激素的正常分泌，使得卵巢合成孕酮的能力下降。在女性的不同年龄阶段，下丘脑-垂体功能的稳定性不同，青春期下丘脑-垂体-卵巢轴尚未完全成熟时，可能出现孕酮水平相对偏低的情况；而围绝经期女性，由于卵巢功能逐渐衰退，下丘脑-垂体的调节也会发生变化，也可能导致孕酮分泌异常。
2.卵巢功能减退
卵巢是产生孕酮的主要器官。卵巢本身的疾病，如卵巢早衰，是指女性在40岁以前出现卵巢功能减退，表现为闭经、雌激素水平降低和促性腺激素水平升高，同时孕酮分泌也会显著减少。另外，多囊卵巢综合征患者，其卵巢存在卵泡发育异常，虽然有多个小卵泡，但难以发育成熟排卵，也会影响孕酮的合成。长期不良生活方式，如过度节食、长期熬夜等，会影响卵巢的正常功能，导致孕酮分泌降低。对于年轻女性来说，长期过度节食可能引起营养不良，影响卵巢的内分泌功能；而长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响内分泌系统的正常节律，进而影响卵巢分泌孕酮。
二、其他系统疾病影响
1.甲状腺疾病
甲状腺功能异常会通过影响下丘脑-垂体-性腺轴来干扰孕酮的分泌。甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会影响垂体促性腺激素的分泌，进而影响卵巢功能；甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，也会对下丘脑-垂体-性腺轴产生不利影响，导致孕酮水平降低。不同年龄的人群，甲状腺疾病对孕酮的影响机制类似，但在儿童甲状腺疾病患者中，需要特别关注其生长发育和内分泌系统的全面影响，因为甲状腺激素对儿童的生长发育和性发育等都有重要作用。
2.肾上腺疾病
肾上腺皮质分泌的一些激素会参与孕酮的合成调节等内分泌相关过程。肾上腺皮质增生等疾病可能导致肾上腺分泌的激素失衡，进而影响到与孕酮相关的内分泌调节通路。例如，先天性肾上腺皮质增生症患者，由于肾上腺皮质激素合成途径中的酶缺陷，会影响到性激素的合成，包括孕酮的合成异常。对于有肾上腺疾病的患者，无论年龄大小，都需要密切监测内分泌相关指标，因为肾上腺疾病对整体内分泌系统的干扰可能比较复杂，会涉及多个激素水平的变化。
三、妊娠相关因素（针对孕妇群体）
1.胚胎发育异常
在妊娠早期，胚胎发育异常时，如胚胎染色体异常等情况，会影响滋养细胞分泌人绒毛膜促性腺激素（hCG），而hCG对于维持黄体功能、促进孕酮分泌至关重要。如果hCG分泌不足，黄体功能就会不全，导致孕酮水平偏低。对于孕妇来说，尤其是有多次不良妊娠史的孕妇，胚胎发育异常导致孕酮低的风险相对较高。在妊娠早期，孕妇需要定期监测孕酮和hCG水平，以便及时发现胚胎发育异常等情况。
2.黄体功能不全
正常妊娠时，卵巢黄体持续分泌孕酮以维持妊娠。如果黄体功能不全，就会导致孕酮分泌量不足。黄体功能不全可能与自身免疫因素、内分泌因素等有关。例如，自身免疫性疾病可能攻击黄体细胞，影响其功能。对于有黄体功能不全病史的孕妇，在妊娠早期需要密切关注孕酮水平，必要时可能需要进行相应的干预来支持黄体功能，以维持妊娠的正常进行。
