胎儿心脏畸形受遗传、环境及其他因素影响。遗传因素包括染色体异常（如21-三体综合征等）和单基因遗传（如马方综合征等）；环境因素有母体感染（如风疹病毒、巨细胞病毒）、药物因素（不合理用抗癫痫药等）、化学物质接触（铅、有机溶剂）、放射线暴露、不良生活方式（吸烟、酗酒）；其他因素包含母体代谢异常（糖尿病、肥胖）、多胎妊娠等。
一、遗传因素
1.染色体异常：许多胎儿心脏畸形与染色体异常相关，如21-三体综合征（唐氏综合征），约40%的唐氏综合征患儿伴有心脏畸形，研究表明其21号染色体多了一条，导致相关基因表达异常，影响心脏发育过程中的正常调控，使得心脏结构和功能出现异常。18-三体综合征等其他染色体数目或结构异常也常合并心脏畸形，染色体上的基因改变干扰了心脏胚胎发育时的关键信号通路和细胞分化过程。
2.单基因遗传：某些单基因遗传病也可引发胎儿心脏畸形，如马方综合征相关基因变异，会影响结缔组织的正常发育，而心脏的主动脉等结构依赖正常的结缔组织支持，进而导致主动脉扩张等心脏畸形表现；先天性长QT综合征相关基因异常，会使心脏电生理活动异常，增加心律失常等心脏问题的发生风险，这类单基因遗传导致的心脏畸形往往有家族遗传倾向，通过基因检测可以发现相关致病基因。
二、环境因素
1.母体感染：妊娠早期母体感染某些病毒，如风疹病毒，孕妇在妊娠早期感染风疹病毒后，病毒可通过胎盘影响胎儿心脏发育，约10%-20%的风疹综合征患儿有心脏畸形，主要是动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄等；巨细胞病毒感染也是常见的孕期感染因素，感染巨细胞病毒的胎儿发生心脏畸形的概率增加，病毒在胎儿体内增殖，干扰心脏组织的正常发育过程，影响心脏的形态发生和结构形成。
2.药物因素：孕妇在孕期不合理使用某些药物，如孕妇服用抗癫痫药物丙戊酸，研究发现暴露于丙戊酸的胎儿心脏畸形发生率升高，丙戊酸可能通过干扰胚胎发育过程中的代谢途径和信号传导，影响心脏的正常发育；某些抗肿瘤药物等也可能对胎儿心脏发育产生不良影响，孕妇在孕期用药必须在医生指导下进行，因为一些药物会穿过胎盘影响胎儿。
3.化学物质接触：孕妇接触某些化学物质，如长期处于高浓度的铅污染环境中，铅可通过胎盘进入胎儿体内，干扰胎儿的心脏发育，导致心脏结构异常；有机溶剂等化学物质的接触也可能增加胎儿心脏畸形的发生风险，孕妇应尽量避免接触这些有害化学物质，以减少对胎儿心脏发育的不良影响。
4.放射线暴露：孕期腹部接受过大剂量的放射线照射，如诊断性的X线检查剂量过高或因治疗需要接受放疗等，放射线会损伤胎儿的细胞，影响心脏胚胎细胞的正常分裂、分化和组织构建，从而引发心脏畸形，孕妇在孕期应避免不必要的放射线暴露。
5.不良生活方式：孕妇吸烟、酗酒也与胎儿心脏畸形有关，吸烟产生的尼古丁等有害物质会减少胎盘的血液灌注，影响胎儿的营养供应和氧气输送，干扰心脏发育；酗酒会导致胎儿酒精综合征，其中心脏畸形是常见表现之一，酒精可直接作用于胚胎细胞，破坏心脏发育的正常进程。
三、其他因素
1.母体代谢异常：孕妇患有糖尿病，尤其是未控制良好的妊娠糖尿病，高血糖环境会影响胎儿的代谢，导致心脏发育过程中的细胞外基质成分改变，影响心脏的结构形成，增加胎儿发生心脏畸形的概率，如室间隔缺损等常见心脏畸形在糖尿病孕妇的胎儿中发生率升高；孕妇肥胖也可能通过影响母体的内分泌和代谢状态，对胎儿心脏发育产生不良影响，肥胖孕妇体内的一些炎症因子和代谢产物异常，干扰胎儿心脏发育的微环境。
2.多胎妊娠：多胎妊娠时，子宫内空间相对狭窄，胎盘血液循环相对复杂，胎儿之间可能存在血液供应和营养竞争等情况，增加了胎儿心脏畸形的发生风险，双胎或多胎妊娠的胎儿心脏畸形发生率高于单胎妊娠，可能与胎盘血管分布异常、胎儿之间的相互影响等因素有关。
