肚子疼、拉肚子的原因包括感染性因素和非感染性因素。感染性因素有病毒（诺如、轮状）、细菌（大肠杆菌、沙门菌、志贺菌）、寄生虫（阿米巴原虫、贾第虫）感染；非感染性因素包含饮食（食物中毒、不耐受、过量不规律）、药物副作用、消化系统疾病（炎症性肠病、肠易激综合征、胆道或胰腺疾病）、其他（环境、精神心理）因素。
一、感染性因素
1.病毒感染：诺如病毒感染较为常见，多通过污染的食物或水传播，可引起急性胃肠炎，导致肚子疼、拉肚子，常伴有恶心、呕吐等症状，人群普遍易感，尤其在学校、幼儿园等人群密集场所易暴发流行；轮状病毒感染多见于婴幼儿，是引起婴幼儿腹泻的常见原因之一，主要通过粪-口途径传播，秋冬季节高发。
2.细菌感染：大肠杆菌感染是常见的细菌感染原因，食用被大肠杆菌污染的食物后可发病，可引起腹痛、腹泻，大便多为黏液脓血便；沙门菌感染也较为多见，家禽、蛋类等是常见的传染源，感染后会出现腹痛、腹泻、发热等症状；志贺菌感染可导致细菌性痢疾，主要表现为腹痛、腹泻、里急后重、黏液脓血便。
3.寄生虫感染：如阿米巴原虫感染，可引起阿米巴痢疾，表现为腹痛、腹泻，大便呈暗红色果酱样；贾第虫感染也可导致腹泻、腹痛等症状，多与不卫生的饮食或接触有关，各年龄段均可发病。
二、非感染性因素
1.饮食因素
食物中毒：食用了被有毒物质污染的食物，如毒蘑菇、含有组胺的鱼类等，可出现肚子疼、拉肚子，同时可能伴有呕吐、头晕等症状，有明确的进食相关病史。
食物不耐受：例如乳糖不耐受，由于体内缺乏乳糖酶，无法正常消化乳糖，食用含乳糖的食物后会出现腹痛、腹泻等症状，常见于婴幼儿及成人，尤其是亚洲人群中乳糖不耐受的发生率较高；麸质不耐受则是对小麦、大麦、黑麦中的麸质成分不能耐受，可引起肠道炎症，出现腹痛、腹泻等表现。
饮食过量或不规律：短时间内进食大量食物，加重胃肠负担，或长期饮食不规律，导致胃肠功能紊乱，引起肚子疼、拉肚子，各年龄段因饮食因素导致胃肠功能紊乱的情况都较为常见，尤其在暴饮暴食人群或饮食无规律人群中更易发生。
2.药物副作用：某些药物服用后可能会引起胃肠道反应，导致肚子疼、拉肚子，如抗生素类药物，在杀灭病原菌的同时可能会破坏肠道正常菌群，引起腹泻；化疗药物也可能会对胃肠道黏膜产生刺激，导致胃肠道功能紊乱，出现腹痛、腹泻等症状，不同药物的副作用表现和发生人群有所差异，长期服用药物或有基础疾病需长期用药的人群需特别关注药物的胃肠道副作用。
3.消化系统疾病
炎症性肠病：包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，病因尚不明确，可能与遗传、免疫等因素有关，多见于青中年人群，主要表现为反复发作的腹痛、腹泻，可伴有黏液脓血便、消瘦等症状，病情容易反复，对患者的生活质量影响较大。
肠易激综合征：是一种常见的功能性胃肠病，发病与胃肠动力异常、内脏高敏感、精神心理因素等有关，各年龄段均可发病，女性相对多见，主要症状为腹痛、腹泻或便秘，症状可在排便后缓解，精神紧张、焦虑等情绪因素可诱发或加重症状。
胆道或胰腺疾病：胆囊炎、胆石症可引起反射性胃肠道痉挛，导致肚子疼，疼痛可放射至腹部其他部位，同时可能伴有腹泻；胰腺炎也可出现腹痛、腹泻等症状，多与暴饮暴食、酗酒等因素有关，病情严重程度不一，重症胰腺炎可危及生命。
4.其他因素
环境因素：腹部受凉可引起胃肠道蠕动加快，导致肚子疼、拉肚子，尤其在季节更替时，气温变化较大，容易出现因腹部受凉引起的腹泻；高温环境下，人体水分流失过快，若饮水不足，也可能影响胃肠功能，导致消化不良、拉肚子等情况，不同季节和环境条件下，因环境因素导致胃肠道不适的情况有所不同，尤其对儿童、老年人等抵抗力较弱人群影响更明显。
精神心理因素：长期的精神压力、焦虑、抑郁等情绪问题可影响胃肠道的神经调节，导致胃肠功能紊乱，出现肚子疼、拉肚子，在现代社会中，由于生活节奏快、工作压力大等原因，此类因素引起的胃肠道不适较为常见，各年龄段人群均可受精神心理因素影响，尤其以中青年人群居多。
