先天性心脏病手术通常会留疤，但疤痕大小和明显程度与手术方式、个体体质相关，可通过技术手段减轻。
传统开胸手术需切开胸骨（约10-15cm切口），术后疤痕位于胸前正中，因胸骨愈合及皮肤张力较大，疤痕相对明显，尤其瘢痕体质者可能出现增生性疤痕。而微创手术（如右侧腋下小切口、胸腔镜辅助手术）切口仅3-5cm，位置隐蔽，术后疤痕更细小；介入封堵术无需开胸，仅在股动脉或静脉处有2-3mm穿刺点，几乎无可见疤痕，但适用于房间隔缺损、室间隔缺损等特定类型先心病。手术疤痕的形成还与缝合技术相关，美容缝合（如皮内缝合）可减少皮肤张力，使疤痕更平整。
术后护理对疤痕恢复至关重要，拆线后可使用硅酮类凝胶抑制疤痕增生，持续使用3-6个月；避免抓挠或摩擦伤口，防止感染或刺激瘢痕组织；瘢痕体质者可在医生指导下早期进行激光治疗。多数先心病手术疤痕会随时间逐渐淡化，尤其儿童皮肤修复能力强，成年后疤痕多不明显。家长无需因担心疤痕而拒绝必要的开胸手术——复杂先心病（如法洛四联症）需开胸才能彻底矫治，手术效果和心脏功能恢复远比疤痕外观更重要，医生会根据病情选择最适合的术式，在治愈疾病的同时尽可能减少疤痕影响。
