小儿百日咳病程分为卡他期、痉咳期、恢复期。卡他期1-2周，似感冒且咳嗽渐重、日轻夜重，婴幼儿表现不典型；痉咳期2-6周或更长，阵发性痉挛性咳嗽伴“鸡鸣样”吼声，婴幼儿表现可能不典型；恢复期2-3周，痉咳减少、咳嗽减轻，受刺激仍可能短暂痉咳，不同年龄症状有差异，需家长密切观察，及时就医。
卡他期：一般持续1-2周。此期症状类似普通感冒，小儿会出现轻度咳嗽、流涕、打喷嚏、低热等类似上呼吸道感染的症状。随着病情进展，咳嗽会逐渐加重，且呈日轻夜重的特点。此阶段传染性最强，若小儿有与百日咳患者密切接触史，出现上述类似感冒的症状且咳嗽逐渐加重时需高度警惕。对于婴幼儿，该期可能没有明显的典型咳嗽表现，容易被忽视，需特别留意其是否有吃奶时呛咳、呼吸急促等异常情况。
痉咳期：持续2-6周或更长时间。主要表现为阵发性、痉挛性咳嗽。咳嗽剧烈时，小儿会出现面红耳赤、舌向外伸、涕泪交流、弯腰曲背等表现，咳嗽终末还会伴有深长的吸气声，发出“鸡鸣样”吼声。每次痉咳发作可持续数分钟，发作频繁时小儿会非常痛苦，严重影响其日常生活和睡眠。此期小儿的咳嗽症状较为典型，但由于婴幼儿的解剖生理特点，其痉咳表现可能不如年长儿典型，可能仅有短暂的咳嗽阵发，容易被误诊为支气管炎等其他疾病。
恢复期：一般持续2-3周。痉咳发作次数逐渐减少，咳嗽症状减轻，“鸡鸣样”吼声消失。但在受到烟尘刺激、呼吸道感染等因素影响时，仍可能出现短暂的痉咳发作。此期小儿身体逐渐恢复，但仍需注意休息，避免再次受到呼吸道刺激，以促进完全康复。
小儿百日咳的症状因年龄不同可能有一定差异，婴幼儿由于咳嗽反射较弱等特点，症状表现不典型，需要家长密切观察其日常的呼吸、进食等情况，一旦怀疑小儿患有百日咳，应及时就医进行相关检查以明确诊断，早期诊断和治疗有助于改善预后，减少并发症的发生。
