一般的尿路感染主要由病原体感染引起，最常见病原体是大肠埃希菌，感染途径有上行感染（女性尿道短宽、距肛门近易发生，性生活、憋尿等可增加风险）、血行感染（少见，免疫力极度低下或有严重基础疾病者易发生）、淋巴道感染（更罕见），还与年龄（儿童女婴尿道短、老年男性前列腺增生等）、生活方式（不注意个人卫生、频繁不卫生性生活、饮水少）、病史（有泌尿系统结石、先天性尿路畸形等基础疾病）等因素有关。
上行感染：是尿路感染最主要的感染途径。病原菌由尿道上行入膀胱，继而沿输尿管向上蔓延至肾脏。女性尿道短而宽，且距离肛门近，更容易发生上行感染，例如性生活时可将周围的细菌带入尿道，进而引发感染；另外，憋尿等不良习惯也会增加上行感染的风险，因为尿液在膀胱内停留时间过长，有利于细菌繁殖。
血行感染：较少见，病原菌从身体其他部位的感染灶经血运传播至泌尿系统引起感染。例如，皮肤感染、骨髓炎等病灶中的细菌可通过血液循环到达肾脏引发感染，这种感染途径在机体免疫力极度低下或有严重基础疾病的人群中更易发生，如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人群等。
淋巴道感染：更为罕见，病原菌从邻近器官的淋巴道播散至泌尿系统引起感染，比如肠道感染时，病原菌可通过淋巴道传播到泌尿系统，但这种情况非常少见。
年龄因素：儿童时期，女婴由于尿道短，容易发生上行感染；而老年男性由于前列腺增生等原因，导致排尿不畅，尿液潴留，增加了尿路感染的风险。
生活方式因素：长期不注意个人卫生，尤其是会阴部清洁不到位，容易导致细菌滋生；频繁性生活且不注意卫生的人群，尿路感染发生率相对较高；饮水过少会导致尿液冲刷病原菌的作用减弱，使细菌更容易在尿路滋生繁殖。
病史因素：有泌尿系统结石、先天性尿路畸形等基础疾病的人群，由于尿路结构或功能异常，尿液引流不畅，容易引发尿路感染。例如，尿路结石会阻碍尿液的正常流动，使细菌容易在局部定植繁殖；先天性尿路畸形会改变尿路的正常解剖结构，影响尿液的排空，从而增加感染的可能性。
