真菌性鼻窦炎有局部和全身症状，局部症状包括单侧渐重的鼻塞、黏脓且有异味的流涕、因鼻窦受累不同而致的头痛或面部疼痛，全身症状有部分患者低热或无明显全身症状，若有基础疾病如糖尿病则可能出现基础疾病相关症状加重情况。
鼻塞：较为常见，多为单侧鼻塞，随着病情发展可能逐渐加重。这是因为真菌在鼻窦内生长繁殖，导致鼻窦腔部分或完全阻塞，影响鼻腔通气功能。不同年龄、性别患者表现类似，长期鼻塞会影响生活质量，如睡眠时呼吸不畅等。对于儿童，长期鼻塞可能影响面部发育，因为儿童鼻窦与面部发育密切相关；而成年人长期鼻塞可能影响工作效率等。
流涕：多为黏脓涕，部分患者可伴有异味。真菌性鼻窦炎患者的鼻涕成分与普通鼻窦炎有所不同，由于真菌的代谢产物等因素，鼻涕会有特殊气味。例如，一些患者描述鼻涕有霉臭味等。
头痛或面部疼痛：部分患者会出现头痛或面部疼痛，疼痛部位和性质因病变累及的鼻窦不同而有所差异。如前组鼻窦受累可能引起前额部疼痛，后组鼻窦受累可能引起头顶部、枕部疼痛等。头痛的程度和发作频率因人而异，有的患者可能间歇性疼痛，有的则持续疼痛。对于有基础疾病的患者，如糖尿病患者，头痛可能更为明显且不易缓解，因为糖尿病患者免疫力相对较低，真菌性鼻窦炎可能更容易加重并引起较严重的局部症状。
全身症状
一般情况：部分患者可能有低热，体温一般在37.5℃-38℃左右，但也有患者无明显全身症状。对于儿童，由于免疫系统发育尚未完善，若发生真菌性鼻窦炎，全身症状可能相对成人更不典型，有时仅表现为精神不振、食欲减退等。而老年人免疫力下降，若合并真菌性鼻窦炎，全身症状可能也不典型，需仔细鉴别。
全身基础疾病相关表现：如果患者本身有基础疾病，如糖尿病，可能会出现糖尿病相关症状加重，如血糖控制不佳等情况。因为真菌性鼻窦炎可能会影响患者的整体健康状况，进而影响基础疾病的控制。例如，糖尿病患者合并真菌性鼻窦炎时，高血糖环境有利于真菌生长繁殖，而真菌性鼻窦炎又可能导致患者身体处于应激状态，进一步影响血糖的稳定。
