扁桃体割掉可能存在局部免疫功能受影响、术后有出血风险、出现咽干及咽部异物感等不适、短期可能影响吞咽功能、特定情况下感染风险增加等坏处，儿童时期因免疫系统不完善受影响更明显，特殊人群恢复可能更缓慢，有基础疾病者风险会升高。
术后出血风险：手术过程中或术后早期可能出现出血情况。虽然现代手术技术不断改进，出血发生率已大大降低，但仍有一定概率发生。术后出血可能需要再次处理，给患者带来额外的痛苦和医疗干预。比如，在一些手术操作不精细或患者术后不注意休息、剧烈运动等情况下，可能诱发术后出血。对于有凝血功能障碍等基础疾病的患者，术后出血的风险会进一步升高。
咽干、咽部异物感等不适：部分患者在扁桃体切除术后会出现咽干的症状，这是因为扁桃体切除后，咽部的正常生理环境发生了改变，唾液分泌和咽部的湿润度调节受到一定影响。同时，还可能有咽部异物感，患者总感觉咽部有东西存在，尽管并没有实际的异物。这种不适症状可能会持续较长时间，尤其是在恢复阶段，如果患者恢复不佳或自身身体状况特殊，如患有干燥综合征等影响唾液分泌的疾病时，咽干等不适可能会更明显。
影响吞咽功能（短期可能存在）：术后短期内，由于咽部的疼痛和创面的存在，患者的吞咽功能可能会受到一定影响，表现为吞咽时疼痛、吞咽困难等。但一般随着创面的愈合，吞咽功能会逐渐恢复正常。不过，对于一些特殊人群，如老年人，本身吞咽功能可能就相对较弱，扁桃体切除术后吞咽功能的恢复可能会更缓慢一些，需要更加精心的护理和观察，以避免因吞咽困难导致误吸等并发症。
感染风险在特定情况下增加：虽然扁桃体本身是免疫器官，但切除后，上呼吸道的细菌等病原体在没有扁桃体的阻挡和免疫作用下，可能更容易在咽部定植和繁殖，在机体免疫力下降等情况下，发生咽炎、喉炎等上呼吸道感染的风险可能会有一定程度的增加。尤其是儿童时期，免疫系统尚未完全成熟稳定，这种感染风险的变化更为值得关注。对于有慢性呼吸道疾病病史的患者，扁桃体切除后感染风险增加可能会对其整体健康状况产生更明显的影响。
