尿结石疼痛部位因结石所在部位而异，肾结石主要是腰部或上腹部疼痛，可放射；输尿管结石上段在腰或上腹，中下段向下腹等放射且剧痛伴恶心呕吐；膀胱结石是下腹部疼痛伴排尿中断等；尿道结石是尿道部位疼痛，男性排尿时明显，女性相对少见。
肾结石：主要表现为腰部或上腹部疼痛。疼痛可以是隐痛、胀痛或较为剧烈的绞痛。当结石在肾脏内移动时，可能会引起腰部一侧的剧烈疼痛，这种疼痛常突然发作，疼痛程度较为严重，可向同侧腹部、腹股沟及会阴部放射。例如，根据相关研究，约有70%-90%的肾结石患者会出现肾绞痛，疼痛多位于腰背部肋脊角处。不同年龄的人群，肾结石引起的疼痛表现可能相似，但儿童由于表述能力有限，可能会表现为哭闹不安等情况；对于有基础肾脏疾病病史的患者，疼痛可能会更频繁或程度更重。
输尿管结石：输尿管结石引起的疼痛通常较为剧烈，多为绞痛。疼痛部位取决于结石所在的输尿管部位，一般来说，结石在输尿管上段时，疼痛多位于腰部或上腹部；结石在输尿管中下段时，疼痛可放射至下腹部、腹股沟、阴囊或大阴唇等部位。例如，输尿管结石导致的肾绞痛，疼痛性质多为突发的、阵发性的剧痛，患者往往难以忍受，常伴有恶心、呕吐等症状。不同性别在输尿管结石疼痛表现上无明显本质差异，但女性在妊娠期合并输尿管结石时，疼痛的处理需要更加谨慎，因为要考虑到对胎儿的影响；对于有输尿管狭窄病史的患者，结石引起的疼痛可能更易发生且程度更重。
膀胱结石：主要表现为下腹部疼痛，疼痛可以伴有排尿中断、血尿等症状。疼痛常因排尿时结石移动刺激膀胱黏膜引起，在儿童中，膀胱结石引起的疼痛可能导致儿童排尿时哭闹，牵拉阴茎等表现。有前列腺增生病史的患者，发生膀胱结石时，疼痛可能会因前列腺增生导致的排尿不畅而加重。
尿道结石：尿道结石引起的疼痛主要位于尿道部位，可表现为排尿时的疼痛，疼痛可放射至阴茎头部等部位。男性尿道结石患者排尿时疼痛较为明显，有时可出现排尿困难、血尿等情况；女性尿道结石相对较少见，但一旦发生，疼痛表现也较为典型，需要及时处理。
