腰三横突综合征临床症状包括慢性腰部疼痛（隐痛、胀痛或刺痛等，腰3横突尖端最明显，可向臀部等放射，劳累等后加重、休息可缓解）、腰3横突尖端明显压痛且有时可摸到反应物、腰部活动因疼痛不同程度受限、患侧腰部肌肉痉挛（可致不良后果）、部分患者伴较轻下肢放射性疼痛（无神经根受压表现）、长期疼痛致精神紧张等，女性经期或孕期疼痛可能加重。
疼痛
腰部疼痛：多为慢性腰部疼痛，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛或刺痛等。疼痛一般位于腰部一侧或双侧，以腰3横突尖端处最为明显，可向臀部、腹股沟区甚至大腿后侧放射，但放射痛一般不超过膝关节。部分患者在劳累、久站、久坐或腰部活动后疼痛会加重，休息后可缓解。例如，长期从事重体力劳动的人群，由于腰部肌肉频繁用力，更容易出现腰部疼痛症状。
压痛：在腰3横突尖端处有明显的压痛，有时可摸到条索状或结节状的反应物，这是由于肌肉筋膜在横突尖端附着处受到刺激后发生炎症、粘连等病理改变所致。
腰部活动受限：患者腰部活动可不同程度地受到限制，尤其是腰部前屈、后伸、侧弯及旋转等活动时，因疼痛而受到影响。例如，患者在弯腰拾物时会感到困难，腰部旋转时也会因疼痛而受限。这是因为腰部活动时会刺激到腰3横突周围的病变组织，从而引起疼痛，导致活动受限。
肌肉痉挛：患侧腰部肌肉可出现痉挛，触摸时可感觉到肌肉紧张、发硬。肌肉痉挛是机体的一种保护性反应，目的是减少病变部位的活动，从而减轻疼痛，但长期的肌肉痉挛可能会导致肌肉萎缩等不良后果。比如，儿童若患腰三横突综合征，由于其身体处于生长发育阶段，肌肉痉挛可能会对肌肉的正常发育产生一定影响，需要及时关注和处理。
其他表现：部分患者可能伴有下肢的放射性疼痛，但疼痛程度一般较轻，与腰椎间盘突出症引起的下肢放射性疼痛不同，腰三横突综合征引起的下肢放射痛通常不会伴有下肢麻木、无力等神经根受压的典型表现。另外，一些患者可能因长期腰部疼痛而出现精神紧张、睡眠不佳等情况，影响日常生活和工作。对于女性患者，在月经期间或孕期，由于身体激素水平变化及腰部负担加重等因素，疼痛可能会有所加重，需要特别注意腰部的保护和休息。
