扁桃体结石由扁桃体隐窝阻塞、细菌感染、矿物质沉积多种因素共同导致，扁桃体隐窝阻塞与年龄、生活方式、病史有关，细菌感染涉及链球菌等种类及可能的性别间接影响，矿物质沉积和饮食、个体代谢差异相关。
扁桃体隐窝阻塞
年龄因素：儿童时期扁桃体隐窝相对较深且窄，随着年龄增长，扁桃体逐渐发育，隐窝结构可能会发生变化，但儿童时期隐窝的特殊结构就为结石形成提供了潜在基础。例如，儿童的扁桃体隐窝上皮过度角化，导致分泌物排出不畅，容易使异物、细菌等积聚在隐窝内。
生活方式：长期吸烟、饮酒的人群，烟草中的有害物质和酒精会刺激扁桃体隐窝黏膜，使其分泌功能异常，增加分泌物的黏稠度，进而更容易导致隐窝阻塞。比如，长期吸烟者的扁桃体隐窝内可能会有更多的黏液积聚，为结石形成创造条件。
病史影响：患有慢性扁桃体炎的患者，炎症会反复刺激扁桃体隐窝，导致隐窝黏膜充血、肿胀，进一步加重隐窝的阻塞情况。慢性扁桃体炎患者的扁桃体隐窝内常有炎性渗出物、脱落的上皮细胞等，这些物质如果不能及时排出，就容易形成结石的核心物质。
细菌感染
细菌种类：常见的与扁桃体结石形成相关的细菌有链球菌、葡萄球菌等。这些细菌在扁桃体隐窝内繁殖，会分解分泌物中的蛋白质，产生一些黏性物质，使隐窝内的物质更容易聚集。例如，链球菌在隐窝内生长繁殖时，会产生酶类物质，破坏局部组织并促进结石相关物质的积聚。
性别差异：目前并没有明确的证据表明性别会直接影响细菌感染与扁桃体结石形成的关系，但不同性别的人群在生活习惯等方面可能存在差异，间接影响细菌感染的发生概率。比如，男性吸烟、饮酒的比例可能相对较高，这会增加细菌感染的风险，进而可能影响扁桃体结石的形成。
矿物质沉积
饮食因素：长期摄入高钙、高磷等矿物质含量较高的食物，会使口腔内的矿物质浓度升高。如果扁桃体隐窝内有积聚的物质作为核心，就容易导致矿物质在局部沉积形成结石。例如，经常食用奶制品的人群，其口腔内钙的含量相对较高，增加了扁桃体隐窝内矿物质沉积形成结石的可能性。
个体代谢差异：不同个体的代谢功能存在差异，一些人的代谢系统可能无法有效地调节口腔内矿物质的平衡，导致矿物质更容易在扁桃体隐窝内沉积。比如，患有某些代谢性疾病的患者，其体内矿物质代谢紊乱，可能会促进扁桃体结石的形成。
