扁桃体结石由食物残渣、细菌、死细胞、黏液等沉积在扁桃体隐窝内逐渐钙化形成，其形成与扁桃体隐窝结构特点、食物残渣滞留、细菌作用、黏液参与相关，如隐窝深且引流不畅、食物残渣滞留、细菌分解混合物质、黏液分泌异常等都会增加结石形成风险，儿童、有慢性扁桃体炎病史者、生理期女性、长期处于空气污染环境及老年人等更易受影响。
一、扁桃体隐窝的结构特点
扁桃体表面存在许多小隐窝，这些隐窝形状不规则且较深。正常情况下，隐窝内会有少量的黏液等分泌物，起到一定的润滑和保护作用，但如果隐窝引流不畅，就为结石形成提供了结构基础。例如，儿童的扁桃体隐窝相对较深，且免疫系统发育尚未完全成熟，相比成年人更容易发生隐窝引流问题，从而增加扁桃体结石形成的风险；而一些生活方式不健康、长期吸烟饮酒的人群，扁桃体局部的分泌和排泄功能可能受到影响，也会影响隐窝的正常状态。
二、食物残渣的滞留
人们在进食过程中，食物残渣容易残留在扁桃体隐窝内。比如，吃了一些纤维较多的食物，像芹菜、玉米等，其残渣可能会卡在隐窝中。如果不注意口腔清洁，这些食物残渣就会长期停留，为细菌等微生物的滋生提供了营养物质。对于儿童来说，可能在饮食过程中更容易有食物残渣残留，因为儿童的咀嚼和吞咽协调能力相对较弱，而且可能不太注重口腔清洁，这就使得儿童扁桃体结石形成的概率相对增加。
三、细菌的作用
细菌在扁桃体隐窝内定植繁殖，会分解食物残渣中的有机成分。例如，链球菌等细菌会产生一些酶类物质，这些酶类物质可以使蛋白质等有机物分解，同时细菌自身的代谢产物也会与食物残渣、黏液等混合在一起。随着时间的推移，这些混合物质逐渐浓缩、钙化，最终形成扁桃体结石。对于有慢性扁桃体炎病史的人群，其扁桃体局部的细菌感染情况更为严重，细菌的繁殖和作用会更加活跃，从而进一步促进扁桃体结石的形成。而女性在生理期等特殊时期，身体的免疫力会有所下降，此时扁桃体局部的防御能力减弱，细菌更容易在隐窝内滋生，也会增加扁桃体结石形成的可能性。
四、黏液的参与
扁桃体隐窝会不断分泌黏液，正常情况下黏液可以起到清除异物等作用。但当黏液分泌过多或者黏液的性状发生改变时，就容易与食物残渣、细菌等混合形成浓稠的物质。如果这些浓稠物质不能及时排出隐窝，就会在隐窝内逐渐积聚、钙化，最终形成结石。长期处于空气污染环境中的人群，其扁桃体分泌的黏液可能会受到刺激而发生变化，导致黏液更容易与其他物质混合形成结石；老年人由于身体机能下降，扁桃体的分泌功能和排泄功能都有所减退，黏液的排出不畅，也会增加扁桃体结石形成的风险。
