小儿肠炎的鉴别诊断为生理性腹泻、细菌性痢疾、坏死性常用、肠套叠等。
1.生理性腹泻
多见于6个月以内婴儿，外观虚胖，常有湿疹。生后不久即出现腹泻，但除大便次数增多外，无其他症状，食欲好，不影响生长发育。添加辅食后，大便即逐渐转为正常。而小儿肠炎多有发热、呕吐、腹痛等症状，大便性状改变明显，如稀水样便、黏液便或脓血便等，且可能伴有脱水、电解质紊乱等情况。
2.细菌性痢疾
常有流行病学接触史，起病急，全身症状重。高热，体温可达39℃甚至更高，腹痛、腹泻频繁，常伴里急后重，大便呈黏液脓血便。大便镜检可见大量脓细胞、红细胞和吞噬细胞，大便培养可检出痢疾杆菌。小儿肠炎若为细菌感染，症状相对较轻，大便培养可发现其他致病菌。
3.坏死性肠炎
中毒症状较严重，起病急，腹痛多为持续性疼痛伴阵发性加剧，呕吐频繁，大便初为稀水便或蛋花汤样便，逐渐出现血便，呈洗肉水样或赤豆汤样，有特殊腥臭味。腹部X线检查可见肠壁囊样积气、门静脉积气等特征性表现，可与小儿肠炎相鉴别。
4.肠套叠
多发生于2岁以下婴幼儿，尤其是4-10个月婴儿。常突然发病，阵发性哭闹不安，伴呕吐、果酱样血便。腹部可触及腊肠样肿块，B超检查可发现同心圆或靶环状肿块图像。小儿肠炎一般无典型的阵发性哭闹及腹部肿块表现。
