慢性泪囊炎主要因泪道阻塞致泪液和细菌积聚继发感染，病因包括泪道结构异常或阻塞（含先天性因素如新生儿鼻泪管下端残膜未退化，后天性因素如老年人泪道黏膜退行性变、眼部炎症、外伤、鼻腔疾病致泪道阻塞）及细菌感染（常见肺炎链球菌等，泪道阻塞后细菌滋生繁殖引发炎症，迁延成慢性）。
泪道结构异常或阻塞
先天性因素：新生儿中较为常见，是由于鼻泪管下端的胚胎残膜未退化，阻塞鼻泪管，导致泪液和分泌物潴留，进而引发感染。例如，有研究发现约1/3的新生儿鼻泪管未完全开放，其中部分会发展为慢性泪囊炎，这与胚胎发育过程中鼻泪管系统的正常发育受阻有关，不同性别在先天性泪道阻塞导致慢性泪囊炎的发生率上无显著差异，但男婴和女婴都可能受到影响，其发生与遗传因素可能有一定关联，家族中有类似病史的新生儿发生先天性泪道阻塞的风险相对较高。
后天性因素：随着年龄增长，老年人泪道黏膜会发生退行性变，泪道狭窄或阻塞的概率增加。此外，眼部的一些炎症性疾病，如沙眼、结膜炎、睑缘炎等，可引起泪道黏膜充血、肿胀，导致泪道阻塞。例如沙眼衣原体感染引起的沙眼，长期的炎症刺激会使泪道周围组织增生、瘢痕形成，从而阻塞泪道。外伤也是导致泪道阻塞的常见原因，如眼部顿挫伤、烧伤等，可直接损伤泪道结构，引起泪道阻塞进而引发慢性泪囊炎。鼻腔疾病也可能影响泪道，如鼻中隔偏曲、下鼻甲肥大、鼻息肉等，可压迫鼻泪管开口，导致泪液引流不畅，长期如此可继发慢性泪囊炎。
细菌感染
常见的致病菌有肺炎链球菌、葡萄球菌、流感嗜血杆菌等。当泪道阻塞后，泪囊内成为相对密闭的环境，适合细菌滋生繁殖。细菌在泪囊内大量繁殖，引起炎症反应，初始可能为急性炎症，但如果没有得到及时有效的治疗，炎症迁延不愈就会发展为慢性泪囊炎。例如，有研究通过对慢性泪囊炎患者泪囊分泌物的细菌培养发现，多种细菌可导致感染，这些细菌在泪囊内持续存在并引发慢性的炎症过程，不同生活方式的人群，如长期处于卫生条件较差环境中的人群，接触细菌的机会增多，更容易发生细菌感染进而导致慢性泪囊炎；有眼部慢性疾病病史的人群，自身眼部防御机制相对较弱，也更易受到细菌感染而引发慢性泪囊炎。
