急性扁桃体炎可引发局部和全身并发症。局部并发症有扁桃体周脓肿、急性中耳炎、急性鼻窦炎、颈部淋巴结炎；全身并发症包括风湿热、急性肾炎、败血症等，儿童因免疫系统未完全发育等原因全身并发症风险相对高，成年人有基础疾病等时风险增加，生活方式不良、有扁桃体炎病史未规范治疗者发生并发症几率也更高。
急性中耳炎：感染可经咽鼓管蔓延至中耳，引起急性中耳炎。儿童咽鼓管短、平、宽，更易发病，表现为耳痛、听力下降、耳鸣等，小儿可能出现哭闹不安、抓耳等表现。
急性鼻窦炎：扁桃体炎症可波及鼻窦黏膜，引发急性鼻窦炎。出现鼻塞、流涕、头痛等症状，前组鼻窦受累较多见，如额窦、上颌窦，可表现为前额部疼痛、面颊部胀痛等。
颈部淋巴结炎：扁桃体周围的淋巴组织丰富，炎症可沿淋巴管扩散至颈部淋巴结，引起颈部淋巴结炎。常见于下颌角淋巴结肿大，有压痛，严重时可融合成块。
全身并发症
风湿热：多发生于链球菌感染后2-3周，是A组乙型溶血性链球菌感染后发生的一种自身免疫性疾病。可累及心脏、关节、中枢神经系统等，心脏受累可出现心肌炎、心内膜炎等，表现为心悸、气短、心前区不适等；关节受累可出现游走性、多发性关节炎，以膝、踝、肘、腕等大关节为主，局部红、肿、热、痛；中枢神经系统受累可出现舞蹈病，表现为不自主的、无目的的快速运动。
急性肾炎：多在链球菌感染后1-3周发生，主要与A组乙型溶血性链球菌感染后引起的免疫反应有关。临床表现为水肿、血尿、蛋白尿、高血压等，水肿多从眼睑、面部开始，逐渐波及全身；血尿可呈肉眼血尿或镜下血尿；蛋白尿程度不一；血压可轻度至中度升高。
败血症：细菌可侵入血液循环并在其中生长繁殖，产生毒素而引起败血症。病情严重，可出现高热、寒战、皮肤黏膜瘀点、肝脾肿大等表现，若不及时治疗，可危及生命。
其他：还可能引起风湿性心脏病、亚急性细菌性心内膜炎等。对于儿童来说，急性扁桃体炎若不及时控制，全身并发症的发生风险相对较高，因为儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，机体对感染的抵抗力相对较弱，且儿童的咽鼓管等解剖结构特点使其更易发生局部蔓延导致的并发症。而对于成年人，若本身有基础疾病如风湿性疾病、肾脏疾病等，发生全身并发症的风险也会增加。另外，生活方式不良，如长期劳累、缺乏运动、营养不良等人群，机体抵抗力下降，患急性扁桃体炎后发生危害的可能性也增大；有扁桃体炎病史且未规范治疗的人群，再次发作时发生并发症的几率相对更高。
