胃黏膜脱垂症是由于异常松弛的胃黏膜逆行突入食管或向前通过幽门管脱入十二指肠球部所致，其主要病因有幽门螺杆菌（Hp）感染致胃黏膜炎症、胃十二指肠炎症致胃黏膜下结缔组织增生及胃蠕动功能紊乱、先天性胃皱襞肥大、胃黏膜下肿瘤等病变致胃黏膜皱襞增大增粗、剧烈胃蠕动、不同年龄性别人群发病差异及长期吸烟酗酒等不良生活方式、既往胃部手术史等。
幽门螺杆菌（Hp）感染：Hp感染可引起胃黏膜炎症，导致胃黏膜皱襞肥大，增加胃黏膜脱垂的发生风险。多项研究表明，Hp感染人群中胃黏膜脱垂的发生率高于非感染人群。例如，相关流行病学调查显示，在Hp感染患者中，胃黏膜脱垂的检出率明显升高，Hp感染引起的炎症反应使胃黏膜组织学发生改变，黏膜下层水肿、炎症细胞浸润等，进而影响胃黏膜的正常结构和功能，促使胃黏膜脱垂的形成。
胃十二指肠炎症：胃十二指肠的炎症会使胃黏膜下结缔组织增生，胃黏膜皱襞肥大，同时，炎症导致的胃蠕动功能紊乱，如胃蠕动增强等，也会推动胃黏膜向幽门方向移动，增加脱垂的可能性。比如，患有慢性胃炎、十二指肠球炎的患者，胃黏膜的病理改变使得其更容易发生脱垂，炎症引起的局部组织改变破坏了胃黏膜正常的附着和运动平衡，使得胃黏膜容易通过幽门管脱入十二指肠球部。
先天性胃皱襞肥大：部分人群存在先天性胃皱襞肥大的情况，这使得胃黏膜相对过多，在胃蠕动等生理活动影响下，更容易发生脱垂。这种先天性因素导致胃黏膜的量和结构异常，从而增加了胃黏膜脱垂的发病基础。
其他因素：如胃黏膜下肿瘤、胃息肉等病变，可使胃黏膜皱襞增大增粗，导致胃黏膜脱垂；此外，剧烈的胃蠕动，无论是过强还是不协调的胃蠕动，都可能成为胃黏膜脱垂的诱发因素。对于不同年龄、性别人群，其发病可能存在一定差异。在年龄方面，各年龄段均可发病，但不同年龄段病因的具体表现可能有所不同，比如儿童可能更多与先天性因素或某些特定的感染因素相关，而成年人则可能与后天的炎症、生活方式等因素关系更密切；在性别上，目前虽无明显的性别差异导致发病的明确证据，但不同性别在生活方式等方面的差异可能间接影响发病风险，如男性可能因吸烟、饮酒等不良生活方式更多地诱发胃十二指肠炎症，从而增加胃黏膜脱垂的风险；在生活方式方面，长期吸烟、酗酒、饮食不规律等都可能损伤胃黏膜，诱发炎症，进而增加胃黏膜脱垂的发病几率；对于有既往胃部手术史等病史的人群，术后的胃结构和功能改变也可能成为胃黏膜脱垂的诱因。
