头皮毛囊炎由多种因素引起，包括微生物感染（细菌如金黄色葡萄球菌、真菌如马拉色菌感染）、毛囊堵塞（皮脂分泌过多、角质层过度增生）、机体免疫力下降以及不良生活习惯（不注意头皮清洁、搔抓头皮、使用不适当美发产品）。
微生物感染
细菌感染：最常见的是金黄色葡萄球菌感染。头皮皮肤表面存在一定数量的正常菌群，但当皮肤屏障受损时，金黄色葡萄球菌等细菌就容易侵入毛囊引发炎症。例如，头皮受到外伤（如搔抓导致的微小破损），就为细菌入侵创造了条件。在青少年群体中，由于皮脂腺分泌旺盛，头皮油脂分泌多，局部环境适合细菌滋生，从而增加了金黄色葡萄球菌感染引发头皮毛囊炎的风险。
真菌感染：马拉色菌感染也是导致头皮毛囊炎的重要原因之一。马拉色菌是一种嗜脂性真菌，头皮油脂分泌过多时，为马拉色菌的繁殖提供了丰富的营养物质，它会侵犯毛囊，引起毛囊的炎症反应。油性皮肤的人群相对更容易出现马拉色菌感染相关的头皮毛囊炎，这与油性皮肤分泌油脂多的生理特点有关。
毛囊堵塞
皮脂分泌过多：青春期人群由于体内激素水平变化，雄激素分泌增加，会导致皮脂腺分泌旺盛，过多的皮脂如果不能及时排出，就会堵塞毛囊口，为细菌和真菌的滋生创造环境，进而引发头皮毛囊炎。例如，一些处于青春期的男孩，头皮油脂分泌明显增多，如果不注意清洁，就容易出现头皮毛囊炎。
角质层过度增生：头皮部位的角质层如果过度增生，也可能堵塞毛囊口。这可能与个体的皮肤代谢特点有关，部分人群角质层代谢相对缓慢，导致角质层堆积，堵塞毛囊。比如一些患有银屑病的患者，头皮部位角质层增生明显，更容易并发头皮毛囊炎。
机体免疫力下降
当人体免疫力下降时，如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂、糖皮质激素等药物时，身体对病原体的抵抗力减弱，容易受到细菌、真菌等病原体的侵袭，从而增加头皮毛囊炎的发生风险。例如，糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体的免疫功能受到影响，皮肤的抗感染能力下降，更易发生头皮毛囊炎，而且一旦发生，病情可能相对较重，恢复也比较缓慢。
不良生活习惯
不注意头皮清洁：长期不洗头，头皮上的污垢、油脂、皮屑等会堆积，容易堵塞毛囊，滋生细菌和真菌，引发头皮毛囊炎。例如，一些长时间外出旅行、不方便洗头的人群，就更容易出现头皮毛囊炎相关问题。
搔抓头皮：过度搔抓头皮会损伤头皮的皮肤屏障，使毛囊容易受到病原体的感染。比如一些头皮瘙痒的人群，忍不住频繁搔抓，就可能导致头皮毛囊炎的发生。特别是儿童，他们可能不太能控制自己搔抓头皮的行为，如果头皮有不适，更容易因搔抓而诱发头皮毛囊炎。
使用不适当的美发产品：某些劣质的洗发水、发胶、染发剂等美发产品可能会刺激头皮，损伤头皮的正常结构，破坏头皮的屏障功能，从而增加头皮毛囊炎的发生几率。例如，一些对美发产品过敏的人群，使用后可能会出现头皮的炎症反应，进而引发头皮毛囊炎。
