肠道菌群失调有消化系统、全身及其他相关症状。消化系统表现为腹泻与便秘交替、腹胀、腹痛；全身有免疫力下降相关反复感染及营养吸收障碍相关维生素缺乏等表现；其他有通过肠-脑轴致情绪异常如焦虑、抑郁等。
腹泻与便秘交替：正常肠道菌群对维持肠道正常的蠕动和水分吸收等功能起重要作用，当肠道菌群失调时，可能破坏肠道的正常生理功能，导致腹泻与便秘交替出现。例如，一些研究发现，肠道菌群失调的患者中约有一定比例会出现这种排便习惯的改变，这与肠道内有益菌和有害菌的失衡，影响了肠道对食物残渣的推进和水分调节有关。在儿童群体中，肠道菌群失调可能因饮食结构改变、感染等因素引发，也容易出现腹泻与便秘交替的情况，因为儿童肠道发育尚不完善，对菌群变化更为敏感。
腹胀：肠道菌群参与食物的发酵等过程，菌群失调时，食物在肠道内的发酵过程可能出现异常，产生过多气体，从而引起腹胀。比如，有研究表明，肠道菌群失调患者肠道内气体产生量较正常人群明显增加，进而导致腹胀症状的出现。对于老年人，由于其肠道蠕动功能本身相对较弱，再加上肠道菌群失调，更容易出现腹胀情况，因为肠道蠕动差会使气体更易积聚。
腹痛：肠道菌群失调可能影响肠道的正常运动节律和局部炎症反应等。当有害菌增多或有益菌减少时，可能引发肠道局部的炎症反应，刺激肠道神经，导致腹痛。例如，部分肠道菌群失调患者会出现不同程度的腹痛，疼痛部位多不固定。在女性群体中，一些特殊生理时期可能因激素变化等因素影响肠道菌群，进而更容易出现因菌群失调导致的腹痛情况。
全身症状
免疫力下降相关表现：肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群失调会影响肠道黏膜相关淋巴组织等的正常功能，导致免疫力下降。表现为容易反复感染，如频繁感冒等。有研究发现，肠道菌群失调人群患感染性疾病的概率比肠道菌群正常人群高。对于儿童来说，肠道菌群失调会严重影响其自身免疫力的建立和维持，因为儿童肠道菌群处于不断建立和完善的过程中，菌群失调会打破这个平衡，使儿童更容易生病，如反复呼吸道感染等。老年人肠道菌群本身相对脆弱，菌群失调后免疫力下降更明显，更容易发生各种感染性疾病。
营养吸收障碍相关表现：肠道菌群参与部分营养物质的代谢和吸收，菌群失调会影响维生素等营养物质的合成与吸收。例如，可能出现维生素缺乏相关症状，如皮肤干燥、口角炎等。在患有基础疾病的人群中，如糖尿病患者，肠道菌群失调可能会进一步影响其营养吸收，因为糖尿病患者本身代谢就存在问题，再加上菌群失调，会使营养吸收障碍情况加重，影响整体健康状况。
其他相关症状
情绪异常：肠道与大脑之间存在肠-脑轴，肠道菌群失调可能通过肠-脑轴影响神经递质的合成等，从而导致情绪异常，如焦虑、抑郁等。有研究发现肠道菌群失调与情绪障碍之间存在关联。对于长期处于压力状态下的人群，如工作压力大的成年人，肠道菌群失调更容易引发情绪方面的问题，因为压力状态会影响肠道菌群的平衡，进而通过肠-脑轴影响情绪。孕妇群体由于体内激素变化等因素，肠道菌群失调也可能导致情绪上的波动，需要特别关注其情绪状态与肠道菌群的关系。
