风湿免疫系统疾病有多种常见症状，关节症状包括疼痛（如类风湿关节炎有对称性小关节疼痛等特点）、肿胀（如痛风性关节炎有单个关节红肿热痛）、畸形（如类风湿关节炎晚期手指畸形等）；皮肤症状有皮疹（如系统性红斑狼疮面部蝶形红斑等）、黏膜溃疡（如白塞病有口腔等黏膜溃疡）；全身症状有发热（如成人Still病高热等）、乏力（如类风湿关节炎活动期明显乏力）；其他系统症状包括呼吸系统（如系统性红斑狼疮累及出现胸膜炎等）、消化系统（如类风湿关节炎服药致胃肠不适等）、肾脏症状（如狼疮性肾炎有蛋白尿等表现）。
疼痛：是风湿免疫系统疾病最常见的症状之一，可累及大关节如膝关节、髋关节，也可累及小关节如手指关节、掌指关节等。例如类风湿关节炎患者常出现对称性的小关节疼痛、肿胀、畸形，疼痛在早晨起床时较为明显，称为晨僵，一般持续时间超过30分钟，且活动后不能完全缓解，这与炎症导致关节滑膜增生、关节腔积液等有关。不同的风湿免疫系统疾病关节疼痛的特点有所差异，系统性红斑狼疮患者的关节疼痛多为游走性，可累及多个关节，但一般不导致关节畸形。
肿胀：关节肿胀是由于炎症导致关节滑膜充血、水肿，关节腔积液或周围软组织炎症引起。如痛风性关节炎患者常突然出现单个关节的红肿热痛，多发生在第一跖趾关节，这是因为尿酸盐结晶沉积在关节周围，引起强烈的炎症反应导致关节肿胀。
畸形：长期的关节炎症可导致关节结构破坏，出现畸形。例如类风湿关节炎晚期可出现手指的尺侧偏斜、天鹅颈样畸形等；强直性脊柱炎患者可出现脊柱强直、畸形，呈驼背状态，这是由于炎症侵蚀脊柱关节及周围组织，导致骨质破坏、韧带钙化等。
皮肤症状
皮疹：多种风湿免疫系统疾病可出现皮疹。系统性红斑狼疮患者典型的皮疹为面部蝶形红斑，位于双侧脸颊和鼻梁部，呈对称性分布，日晒后可加重；皮肌炎患者可出现眶周紫红色水肿性红斑，以及四肢伸侧的Gottron丘疹等。银屑病关节炎患者可在银屑病皮疹的基础上出现关节炎症。
黏膜溃疡：如白塞病患者可出现口腔黏膜溃疡、生殖器黏膜溃疡等，这与血管炎导致黏膜组织缺血、坏死有关。
全身症状
发热：许多风湿免疫系统疾病会出现发热症状，可为低热、中度发热或高热。例如成人Still病患者常表现为高热，体温可达39℃以上，同时伴有皮疹、关节痛等症状；系统性红斑狼疮患者也常出现低热，部分患者以发热为首发症状。发热的机制与免疫系统异常激活，导致炎症因子释放有关。
乏力：患者常感到全身乏力，缺乏精力，这可能与疾病导致的慢性炎症、代谢紊乱等因素有关。例如类风湿关节炎患者在病情活动期常出现明显的乏力症状，影响日常生活和工作。
其他系统症状
呼吸系统症状：系统性红斑狼疮可累及呼吸系统，出现胸膜炎，表现为胸痛、胸腔积液等；间质性肺炎也是系统性红斑狼疮常见的肺部并发症，患者可出现咳嗽、呼吸困难等症状。干燥综合征患者可出现干燥性间质性肺炎，导致肺功能下降。
消化系统症状：部分风湿免疫系统疾病可影响消化系统，如类风湿关节炎患者服用非甾体抗炎药可能导致胃肠道不适，出现恶心、呕吐、腹痛等症状；系统性硬化症患者可出现食管蠕动功能障碍，导致吞咽困难、烧心等消化系统症状，这是由于血管炎及纤维化累及食管平滑肌所致。
肾脏症状：狼疮性肾炎是系统性红斑狼疮常见的并发症，患者可出现蛋白尿、血尿、水肿、高血压等肾脏损害表现，严重时可发展为肾衰竭。紫癜性肾炎是过敏性紫癜累及肾脏的表现，患者出现血尿、蛋白尿等肾脏症状。
