胃神经官能症的治疗包括调节胃肠动力药物（如多潘立酮、莫沙必利）、调节精神类药物（如SSRI类的帕罗西汀、三环类的阿米替林）、对症治疗药物（如抑酸护胃的奥美拉唑、调节肠道菌群的双歧杆菌四联活菌片），且特殊人群（儿童、老年人、妊娠期及哺乳期女性）用药需谨慎，儿童优先非药物干预，老年人用药需慎对不良反应和药物相互作用，妊娠期及哺乳期女性优先非药物干预，必须用药需严格评估。
一、调节胃肠动力药物
1.多潘立酮：属于外周多巴胺受体拮抗剂，能增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，有效缓解消化不良、腹胀、嗳气等症状，可用于改善胃神经官能症引起的胃肠功能紊乱相关表现，其作用机制经多项药理研究证实，能特异性作用于胃肠道多巴胺受体发挥促动力效应。
2.莫沙必利：是选择性5-羟色胺4（5-HT）受体激动剂，通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-HT受体，促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的相关症状，对胃神经官能症导致的胃肠动力异常有一定的调节作用，众多临床研究表明其能显著改善患者的腹胀、早饱等症状。
二、调节精神类药物
1.抗抑郁药：
选择性5-羟色胺再摄取抑制剂（SSRI）：如帕罗西汀，其作用机制是抑制突触前膜对5-羟色胺的再摄取，增加突触间隙5-羟色胺浓度，从而改善抑郁、焦虑情绪，而胃神经官能症常与精神心理因素密切相关，约有相当比例的患者存在不同程度的抑郁、焦虑状态，帕罗西汀等SSRI类药物通过调节神经递质平衡，能缓解患者的精神心理症状，进而改善胃肠功能紊乱的表现，多项临床试验证实其对伴有精神心理障碍的胃神经官能症患者有较好的疗效。
三环类抗抑郁药：如阿米替林，能阻断去甲肾上腺素及5-羟色胺的再摄取，对伴有明显抑郁、焦虑且其他药物疗效不佳的胃神经官能症患者可能有一定作用，但由于其抗胆碱能等不良反应相对较多，在使用时需谨慎评估患者情况，尤其要考虑老年患者或有前列腺增生、青光眼等基础疾病患者的耐受性，一般不作为首选，需根据患者具体病情和个体差异来权衡使用。
三、对症治疗药物
1.抑酸护胃药物：若患者伴有反酸、烧心等症状，可使用质子泵抑制剂，如奥美拉唑，其能特异性抑制胃壁细胞H-K-ATP酶的活性，有效抑制胃酸分泌，减轻胃酸对胃黏膜的刺激，缓解因胃酸过多引起的不适症状，对于胃神经官能症中出现胃酸相关症状的患者有一定的对症治疗作用，大量临床应用及研究证实其抑酸效果确切且作用持久。
2.调节肠道菌群药物：如双歧杆菌四联活菌片，可补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，胃神经官能症患者常存在肠道菌群失调的情况，补充双歧杆菌等有益菌能调整肠道微生态环境，有助于缓解腹胀、腹泻或便秘等肠道功能紊乱的表现，多项肠道微生态相关研究表明其对改善胃肠功能有积极作用。
特殊人群注意事项
1.儿童：胃神经官能症在儿童中相对较少见，若发生需谨慎用药，一般优先采用非药物干预，如调整饮食结构、心理疏导等，因为儿童肝肾功能尚未发育完全，很多用于成人的调节精神类药物或胃肠动力药物对儿童的安全性和有效性证据不足，随意用药可能会对儿童生长发育造成不良影响。
2.老年人：老年人患胃神经官能症时，在用药方面需更加谨慎。对于调节精神类药物，要充分考虑其可能引起的认知功能障碍、体位性低血压等不良反应，如使用阿米替林等三环类抗抑郁药时，要密切监测患者的血压、认知状态等；对于胃肠动力药物，也要注意其可能导致的腹泻、腹痛等不良反应，且老年人常伴有其他基础疾病，药物之间的相互作用风险较高，用药前需评估患者整体健康状况和肝肾功能等。
3.妊娠期及哺乳期女性：妊娠期及哺乳期女性患胃神经官能症时，用药需格外慎重。多数药物在妊娠期及哺乳期的安全性尚不明确，一般优先采取非药物的综合干预措施，如通过心理辅导、调整生活方式等来缓解症状，若必须用药，需在医生的严格评估下选择对胎儿或婴儿影响最小的药物，并密切观察母亲和胎儿/婴儿的反应。
