扁桃体结石自愈概率较低，多数会长期存在或反复形成，仅少数微小结石可能随吞咽、咳嗽排出，无法单纯依靠身体自行彻底清除。
扁桃体结石是食物残渣、脱落上皮细胞及细菌代谢物在扁桃体隐窝内堆积、钙化形成的硬结，隐窝的特殊结构使其难以通过自然腔道排出。微小结石可能在吞咽动作或咳嗽时被挤压出隐窝，随唾液或食物咽下，表现为“自愈”；但较大或嵌顿较深的结石，会因持续有分泌物和残渣进入隐窝而逐渐增大，还可能引起咽部异物感、口臭等症状。
此外，扁桃体慢性炎症会加重隐窝堵塞，促进结石形成，形成“炎症-结石-炎症”的循环，进一步降低自愈可能。因此，扁桃体结石通常需通过漱口、器械清理等方式干预，反复发作者可能需手术切除扁桃体，不可寄望于自愈。
