附件囊肿药物治疗需依具体情况而定，包括避孕药对内分泌因素致囊肿可能有作用、抗生素对炎性囊肿可能有效，但药物治疗有局限性，较大囊肿或怀疑肿瘤性囊肿可能需手术，用药要考虑人群差异，且应优先考虑非药物干预措施
避孕药：对于一些因内分泌因素导致的附件囊肿，短效避孕药可能有一定作用。研究表明，短效避孕药可以调节激素水平，抑制卵泡发育，从而可能使部分囊肿缩小。例如，有研究发现，长期规律服用短效避孕药的女性，其因激素相关因素引起的附件囊肿发生发展可能得到一定控制，但这并非对所有附件囊肿都有明确的使囊肿消退的作用，且个体差异较大。
抗生素：如果附件囊肿是由炎症引起的，如输卵管卵巢脓肿等炎性包块，可能会使用抗生素。当存在明确的细菌感染证据时，使用相应敏感抗生素控制炎症，有可能使因炎症导致的附件囊肿缩小。但对于非炎性因素引起的附件囊肿，抗生素并无治疗作用。
不过，药物治疗附件囊肿有一定局限性，不是所有附件囊肿都能通过药物消褪。对于较大的囊肿（直径通常大于5cm）、怀疑为肿瘤性的囊肿等情况，可能需要手术治疗。而且在用药方面，不同年龄、性别、生活方式及病史的人群需谨慎考虑。比如，有严重肝肾功能不全的患者使用相关药物时需格外小心，因为药物代谢可能受到影响；对于有激素类药物禁忌证（如乳腺癌病史等）的患者则不能使用避孕药相关药物。同时，在考虑药物治疗时，应优先考虑非药物干预措施，如定期观察囊肿变化等，尤其要避免低龄儿童随意使用可能影响其生长发育的药物。
