心脏粘液瘤形成机制未完全明确，一般与胚胎发育异常、遗传因素、生物化学改变相关，胚胎发育时期原始心内膜下间叶细胞异常增殖可致其形成，部分遗传综合征可能增加风险，心脏粘液瘤组织有生物化学改变，长期不良生活方式间接影响，既往心脏相关发育异常病史可能增加其形成可能性。
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，原始心内膜下的间叶细胞异常增殖，并且向心内膜表面生长，这些异常增殖的间叶细胞可能逐渐形成心脏粘液瘤。从年龄角度来看，心脏粘液瘤可发生于各个年龄段，但多见于中青年人群，胚胎发育异常的影响在个体生长发育早期就已存在，进而导致后续心脏粘液瘤的形成。
遗传因素：有部分研究提示，心脏粘液瘤可能与遗传因素存在一定关联。某些遗传性综合征可能增加心脏粘液瘤的发生风险，例如Carney综合征，该综合征患者常伴有心脏粘液瘤等多种肿瘤性病变，其遗传相关的基因异常可能影响细胞的生长调控，使得心脏组织容易出现异常的粘液样物质增生形成肿瘤。不同性别在遗传易感性上可能并无显著差异，但如果家族中有心脏粘液瘤患者，其他家庭成员需要提高对心脏粘液瘤的警惕性，定期进行心脏相关检查以便早期发现。
生物化学改变：心脏粘液瘤组织中存在异常的生物化学改变，例如细胞外基质成分的异常增多，其中粘多糖等物质堆积，导致肿瘤呈现粘液样的特征。在生活方式方面，长期的不良生活方式可能会影响身体的代谢和内环境稳定，间接影响细胞的生物化学状态，但目前并没有直接证据表明特定的生活方式直接导致心脏粘液瘤形成，不过健康的生活方式有助于维持身体正常的生理状态，可能对降低包括心脏粘液瘤在内的多种疾病风险有一定益处。从病史角度，如果既往有心脏相关的发育异常病史等，可能提示存在胚胎发育相关的潜在问题，增加心脏粘液瘤形成的可能性。
