先天性无阴道主要与胚胎时期泌尿生殖窦发育异常、染色体异常、遗传因素以及孕期外界因素干扰等多种因素相关，胚胎时期苗勒管发育异常、特纳综合征等染色体异常、特定基因缺陷及孕期接触不良因素或感染病毒等均可能导致其发病。
一、胚胎时期泌尿生殖窦发育异常
在胚胎发育的第6-12周，泌尿生殖窦与苗勒管（副中肾管）的发育密切相关。如果苗勒管发育异常，比如双侧苗勒管会合后未能向尾端伸展形成阴道板，进而导致阴道未能正常发育，就可能引发先天性无阴道。例如，胚胎时期苗勒管发育过程中受到某些基因调控异常的影响，使得其正常的分化、融合等过程出现障碍，从而影响阴道的形成。
二、染色体异常因素
部分先天性无阴道患者可能存在染色体异常情况。例如，特纳综合征（45,XO核型）患者，除了有染色体核型的异常外，常常会伴有生殖系统的发育异常，其中包括先天性无阴道。染色体的异常会干扰胚胎正常的发育进程，影响生殖系统相关组织和器官的分化与形成，使得阴道无法正常发育成型。
三、遗传因素影响
遗传因素在先天性无阴道的发病中也起到一定作用。有研究表明，某些特定的基因缺陷可能会增加先天性无阴道的发病风险。如果家族中有先天性无阴道的病史，那么后代发病的概率可能会相对升高。这是因为遗传物质中携带了导致胚胎发育过程中生殖系统发育异常的相关基因缺陷，使得子代在胚胎发育阶段就出现阴道发育的障碍。
四、孕期外界因素干扰
在孕期，如果孕妇受到某些外界不良因素的干扰，也可能影响胎儿生殖系统的发育。例如，孕期孕妇接触某些放射性物质、化学毒物等，这些外界因素可能会损伤胚胎的遗传物质或者干扰胚胎正常的发育过程，导致生殖系统发育异常，包括先天性无阴道的发生。另外，孕期孕妇感染某些病毒，如风疹病毒等，也可能通过胎盘影响胎儿的发育，增加先天性无阴道的发病风险。
