包皮龟头炎分细菌性、念珠菌性、滴虫性等类型，细菌性用莫匹罗星软膏等，念珠菌性用抗真菌药物等，滴虫性用甲硝唑等，治疗需先明确致病因素，不能自行盲目用药，且要注意相关禁忌及用药后反应，有性伴侣者需同时治疗并保持局部清洁。
一、细菌性包皮龟头炎
对于由细菌感染引起的包皮龟头炎，常用药物有莫匹罗星软膏等。莫匹罗星软膏是一种局部外用的抗生素，能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌作用，可有效针对多种革兰阳性球菌等引起的感染。一般来说，局部涂抹于患处即可，但需注意若对莫匹罗星等成分过敏者禁用。对于儿童患者，由于其皮肤较为娇嫩，使用时需格外谨慎，应在医生指导下小面积试用观察是否有不适反应。
抗真菌药物是治疗念珠菌性包皮龟头炎的主要药物，如克霉唑乳膏。克霉唑属于咪唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程，起到抗真菌的作用。使用时涂抹于洗净的患处。孕妇及哺乳期妇女使用克霉唑乳膏需要权衡利弊，因为目前关于其在这些特殊人群中的安全性研究有限，儿童使用也需在医生评估后谨慎应用。另外，碳酸氢钠溶液也可用于局部清洗，以改变局部的酸碱度，抑制念珠菌生长，但单独使用碳酸氢钠溶液效果可能有限，常需配合抗真菌药物使用。
三、滴虫性包皮龟头炎
甲硝唑是治疗滴虫性包皮龟头炎的常用药物。甲硝唑能干扰滴虫的氧化还原代谢，使原虫氮链发生断裂，从而发挥抗滴虫的作用。但需要注意的是，孕妇及哺乳期妇女禁用甲硝唑，儿童使用也需严格遵循医生的剂量等指导，因为儿童的肝肾功能尚未完全发育成熟，药物代谢等与成人不同。在使用药物治疗的同时，还应注意保持局部清洁卫生，避免不洁性生活等，对于有性伴侣的患者，性伴侣也需要同时进行检查和治疗，以防交叉感染。
在选择药物治疗包皮龟头炎时，首先要明确具体的致病因素，这通常需要通过医生的检查，如分泌物涂片等检查来确定。不同的病因所适用的药物不同，所以不能自行盲目用药。同时，无论使用何种药物，都要密切观察用药后的反应，如是否有局部刺激症状等，若出现异常应及时就医调整治疗方案。
