先天性白内障的发生与遗传因素、孕期因素、环境因素、全身系统性疾病相关。遗传方面约1/3与遗传有关，有常染色体显性、隐性及X连锁隐性遗传方式；孕期感染风疹等病毒、营养缺乏、药物不合理使用可致；环境中辐射、化学物质接触可引发；全身代谢性疾病如糖尿病、内分泌疾病如甲状腺功能减退也会导致。
孕期因素
感染：母亲在妊娠前3个月内感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。风疹病毒感染是导致先天性白内障的重要原因之一，孕妇感染风疹病毒后，病毒可通过胎盘影响胎儿晶状体的发育，使晶状体蛋白质合成异常，进而引发白内障。研究表明，妊娠早期感染风疹，胎儿先天性白内障的发生率可高达50%以上。
营养缺乏：孕妇在孕期缺乏维生素（如维生素C、维生素B2等）、钙、磷等营养素。维生素C是晶状体抗氧化防御系统的重要组成部分，缺乏时晶状体易受氧化损伤，影响晶状体的正常代谢，导致晶状体混浊；钙、磷等矿物质缺乏会影响晶状体的正常结构和功能维持，增加先天性白内障的发生风险。
药物影响：孕妇在孕期不合理使用一些药物，如糖皮质激素等。某些药物可能通过胎盘进入胎儿体内，干扰晶状体的发育过程，导致晶状体蛋白质合成或结构异常，引发先天性白内障。
环境因素
辐射：孕妇接触过量的辐射，如X射线、紫外线等。过量紫外线照射可能损伤晶状体细胞，影响晶状体的代谢和结构；X射线等电离辐射可能导致晶状体细胞的DNA损伤，影响晶状体的正常发育，增加先天性白内障的发生几率。
化学物质接触：孕妇接触某些有害化学物质，如二硝基苯等。这些化学物质可能通过胎盘进入胎儿体内，干扰晶状体的正常发育过程，导致晶状体混浊形成先天性白内障。
全身系统性疾病
代谢性疾病：一些代谢性疾病可引发先天性白内障，如糖尿病。孕妇患有糖尿病时，血糖升高可影响晶状体的渗透压等代谢平衡，导致晶状体纤维肿胀、混浊，进而引发先天性白内障。
内分泌疾病：甲状腺功能减退等内分泌疾病也可能与先天性白内障的发生有关。甲状腺功能减退时，机体的代谢紊乱，影响晶状体的正常代谢和结构维持，增加先天性白内障的发病风险。
