阴茎变短可能由多种因素引起，包括年龄因素（儿童青少年期内分泌问题影响发育，成年后激素变化等）、疾病因素（内分泌疾病如雄激素缺乏、甲状腺疾病，阴茎本身疾病如阴茎硬结症、先天性发育不良）、生活方式因素（肥胖、吸烟、酗酒）以及外伤或手术因素（外伤致结构损伤修复异常、手术操作不当等）。
一、年龄因素相关
（一）儿童及青少年
儿童处于生长发育阶段，阴茎的长度会随着年龄增长而逐渐变化。如果在青春期前出现某些影响内分泌等发育的问题，可能会对阴茎发育产生影响。例如，先天性垂体功能减退等内分泌疾病，会导致激素分泌异常，进而影响阴茎的正常发育，使阴茎在相应年龄段相较于正常情况显得较短。
（二）成年人
随着年龄增长，身体机能逐渐衰退，包括激素水平的变化。男性到了一定年龄后，雄激素水平可能会缓慢下降，这可能会对阴茎海绵体的功能产生一定影响，虽然这种影响通常较为缓慢且个体差异较大，但可能会在一定程度上导致阴茎外观上的相对变短感觉，但这并非绝对的长度上的实质性大幅缩短，而是综合身体机能变化后的一种表现。
二、疾病因素相关
（一）内分泌疾病
1.雄激素缺乏相关疾病：如克兰费尔特综合征，患者体内雄激素水平明显降低，会影响阴茎的正常发育和维持。研究表明，这类患者的阴茎长度往往低于正常人群。另外，垂体疾病导致促性腺激素分泌不足，也会引起雄激素分泌减少，从而影响阴茎的生长和形态，使得阴茎变短。
2.甲状腺疾病：甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响全身的代谢和内分泌平衡，可能间接影响阴茎的发育和功能状态，导致阴茎相对变短。
（二）阴茎本身的疾病
1.阴茎硬结症：阴茎海绵体白膜出现纤维化硬结，可能会导致阴茎在勃起或疲软状态下出现弯曲、缩短等异常情况。这种疾病会影响阴茎的正常解剖结构和功能，进而表现为阴茎变短。
2.先天性阴茎发育不良：包括阴茎短小症等先天性疾病，是由于胚胎发育过程中阴茎发育异常所致，从出生起就可能存在阴茎较短的情况，这与遗传、胚胎发育过程中的多种因素有关，如染色体异常等可能参与其中。
三、生活方式因素相关
（一）肥胖
过度肥胖的人群中，腹部脂肪堆积较多，会导致耻骨前脂肪垫增厚，从外观上看会使阴茎显得相对较短。研究发现，肥胖者体内的激素代谢会发生改变，例如雌激素水平相对升高，可能会对雄激素的作用产生一定干扰，进而影响阴茎的发育和状态。
（二）不良生活习惯
1.吸烟：香烟中的尼古丁等有害物质会影响血管的功能，导致阴茎海绵体的血管收缩功能异常，影响阴茎的血液供应。长期吸烟可能会逐渐影响阴茎的勃起功能和外观形态，长期来看可能会使阴茎在视觉上有变短的感觉。
2.酗酒：过量饮酒会损害肝脏等器官的功能，影响激素的代谢和调节。酒精还可能直接作用于阴茎海绵体组织，影响其正常的生理功能，长期酗酒可能会对阴茎的长度和功能产生不良影响，导致阴茎变短相关的情况出现。
四、外伤或手术因素相关
（一）外伤
阴茎受到严重外伤，如车祸伤、暴力打击等，如果损伤涉及阴茎海绵体、白膜等重要结构，在修复过程中可能会出现瘢痕形成、组织缺损等情况，从而导致阴茎变短。例如，阴茎海绵体部分断裂后没有得到妥善修复，可能会影响阴茎的正常长度和形态。
（二）手术
1.阴茎整形手术不当：如果进行阴茎整形手术时，手术操作失误，如切除过多的阴茎组织等，可能会导致阴茎术后长度较术前变短。另外，一些为了治疗某些阴茎疾病而进行的手术，如阴茎癌手术等，在切除病变组织的同时，可能会不可避免地影响阴茎的长度。
2.包皮环切术过度：如果包皮环切术时切除过多的包皮，可能会影响阴茎在勃起状态下的正常伸展，从外观上看起来阴茎相对较短，但这种情况相对较少见，且通常是在手术操作不当的情况下发生。
