流行性出血热有发热期（多突然起病，体温39-40℃，持续3-7天，伴“三痛”等全身中毒症状）、低血压休克期（发热末期或热退时血压下降，重者有休克表现）、少尿期（尿量减少，有尿毒症等表现及出血倾向加重）、多尿期（尿量增多，可出现脱水及电解质紊乱等）、恢复期（症状渐消失，一般1-3个月体力恢复，部分留后遗症）。
发热：多为突然起病，体温可迅速升至39~40℃，以稽留热和弛张热多见，一般持续3~7天。不同年龄人群发热表现可能有差异，儿童发热可能相对更急骤，部分可能伴有寒战。生活方式健康与否对发热本身影响不大，但基础病史如免疫功能低下者可能发热持续时间更长或热型不典型。
全身中毒症状：患者常出现头痛、腰痛、眼眶痛，称为“三痛”。头痛为脑血管扩张充血所致；腰痛与肾周围组织充血、水肿及腹膜后水肿有关；眼眶痛是眼周围组织水肿引起。同时伴有全身不适、乏力等表现，食欲减退，可出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道症状，部分患者有嗜睡、烦躁、谵妄或抽搐等神经精神症状。
低血压休克期
低血压：一般发生在发热末期或热退同时出现血压下降。轻者可无明显症状，重者可出现休克表现，如面色苍白、四肢厥冷、脉搏细弱或不能触及、尿量减少等。该时期不同性别患者表现差异不大，但有基础心血管疾病的患者可能休克症状更易加重，预后相对更差。生活方式不良如长期酗酒者可能因机体代偿能力相对较弱而使休克情况更严重。
少尿期
尿量减少：24小时尿量少于400ml为少尿，少于50ml为无尿。此期主要表现为尿毒症、酸中毒和水电解质紊乱。患者可出现厌食、恶心、呕吐、腹胀、腹泻等胃肠道症状，常有嗜睡、烦躁、谵妄甚至昏迷、抽搐等神经症状，还可出现出血倾向加重，如皮肤瘀斑增多、鼻出血、牙龈出血、咯血、便血、尿血等。不同年龄阶段儿童少尿期可能因肾脏发育未完善而使尿量变化及相关并发症表现更突出，比如儿童可能更容易出现电解质紊乱相关的严重心律失常等情况。
多尿期
尿量增多：随着肾功能的恢复，24小时尿量逐渐增多至2000ml以上进入多尿期。根据尿量和氮质血症情况可分为移行期、多尿早期、多尿后期。此期患者可出现脱水及电解质紊乱，如低钾血症、低钠血症等，表现为全身乏力、腹胀、心律失常等。同时由于肾功能尚未完全恢复，仍可能存在尿素氮等代谢产物潴留情况。
恢复期
症状逐渐消失：尿量恢复正常，精神、食欲基本恢复，一般需1~3个月体力才能完全恢复。但部分患者可能遗留高血压、肾功能减退、心肌劳损等后遗症，不同年龄人群恢复速度和遗留后遗症情况有所不同，比如老年患者恢复相对较慢，且遗留后遗症的风险可能更高。
