急性胃肠炎容易混淆的疾病包括细菌性痢疾、霍乱、病毒性肝炎、急性阑尾炎，它们在症状表现（如细菌性痢疾有脓血便、里急后重，霍乱腹泻米泔水样、量多，病毒性肝炎后期有黄疸等，急性阑尾炎疼痛转移至右下腹等）、实验室检查（如细菌性痢疾粪便镜检有大量白细胞等，霍乱可检出霍乱弧菌，病毒性肝炎血清转氨酶升高等）及病原体等方面存在差异。
一、细菌性痢疾
1.症状表现差异：
急性胃肠炎主要表现为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，腹泻次数相对可能稍少，大便多为稀水样便。而细菌性痢疾患者除有腹泻外，常有脓血便，同时伴有里急后重感（即有排便不尽感），这是因为痢疾杆菌侵袭结肠黏膜，引起炎症、溃疡，导致脓血便和里急后重。从年龄因素看，儿童患细菌性痢疾时，症状可能相对更重，需特别注意。生活方式方面，不注意饮食卫生，食用被痢疾杆菌污染的食物是常见诱因，有不洁饮食史的人群需警惕。
实验室检查差异：粪便常规检查中，细菌性痢疾患者粪便镜检可见大量白细胞、脓细胞和红细胞，还可找到巨噬细胞；而急性胃肠炎粪便常规一般白细胞不多。
2.病原体差异：急性胃肠炎多由病毒（如轮状病毒等）、细菌（如大肠杆菌等）或饮食不当等引起；细菌性痢疾是由痢疾杆菌感染所致。
二、霍乱
1.症状表现差异：
霍乱起病急骤，多表现为剧烈的腹泻，大便为米泔水样，量多，次数频繁，可伴有呕吐，一般无腹痛或仅有轻度腹痛。急性胃肠炎腹痛相对较明显，腹泻次数相对霍乱少。年龄上，任何年龄段均可发病，但儿童感染霍乱后病情变化可能更快。生活方式中，接触被霍乱弧菌污染的水源或食物是重要传播途径，有相关接触史者需鉴别。
实验室检查差异：霍乱患者粪便中可检出霍乱弧菌，而急性胃肠炎一般无此病原体。
三、病毒性肝炎
1.症状表现差异：
急性病毒性肝炎早期可能有类似急性胃肠炎的症状，如恶心、呕吐、食欲减退等，但随后会出现乏力、黄疸（皮肤、巩膜黄染）、肝区不适等表现。而急性胃肠炎主要以消化道症状为主，一般无黄疸等表现。从年龄看，各年龄段均可患病毒性肝炎，儿童患病毒性肝炎时，黄疸出现可能相对较急等情况需关注。生活方式中，有肝炎病毒接触史（如输血史、密切接触肝炎患者等）的人群，出现消化道症状时需考虑病毒性肝炎可能。
实验室检查差异：病毒性肝炎患者血清转氨酶升高，肝炎病毒标志物阳性；而急性胃肠炎相关实验室检查无这些指标变化。
四、急性阑尾炎
1.症状表现差异：
急性阑尾炎初期可出现上腹部或脐周疼痛，随后疼痛转移至右下腹并固定，伴有恶心、呕吐等症状，但腹泻相对不明显。而急性胃肠炎疼痛一般以脐周为主，腹泻较突出。年龄方面，儿童急性阑尾炎症状可能不典型，容易延误诊断。生活方式与急性阑尾炎关系相对不直接，但病史中若有右下腹疼痛逐渐转移等情况需考虑。
体格检查差异：急性阑尾炎患者右下腹麦氏点有压痛、反跳痛等体征，而急性胃肠炎无此体征。
